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| H (Match allé) | Kampala City Council FC | - | SuperSport United | 2:1 | ||
| R (match retour) | SuperSport United | - | Kampala City Council FC | 1:1 | ||
| H (Match allé): 13.03.2009 14:00 | R (match retour): 04.04.2009 20:00 | vainqueur: Kampala City Council FC | ||||
| H (Match allé) | Al Ittihad Tripolis | - | Al Merrikh SC | 1:1 | ||
| R (match retour) | Al Merrikh SC | - | Al Ittihad Tripolis | 3:0 | ||
| H (Match allé): 13.03.2009 16:30 | R (match retour): 04.04.2009 19:00 | vainqueur: Al Merrikh SC | ||||
| H (Match allé) | AS Douanes | - | Kano Pillars | 1:1 | ||
| R (match retour) | Kano Pillars | - | AS Douanes | 0:0 | ||
| H (Match allé): 14.03.2009 | R (match retour): 04.04.2009 | vainqueur: Kano Pillars | ||||
| H (Match allé) | Ajax Cape Town | - | Monomotapa United | 3:2 | ||
| R (match retour) | Monomotapa United | - | Ajax Cape Town | 2:1 | ||
| H (Match allé): 14.03.2009 15:00 | R (match retour): 05.04.2009 15:00 | vainqueur: Monomotapa United | ||||
| H (Match allé) | CD 1º de Agosto | - | Canon Yaoundé | 0:1 | ||
| R (match retour) | Canon Yaoundé | - | CD 1º de Agosto | 4:5 tab | ||
| H (Match allé): 14.03.2009 16:00 | R (match retour): 06.04.2009 16:00 | vainqueur: CD 1º de Agosto | ||||
| H (Match allé) | ASEC Mimosas | - | EF Ouagadougou | 2:0 | ||
| R (match retour) | EF Ouagadougou | - | ASEC Mimosas | 0:1 | ||
| H (Match allé): 14.03.2009 16:30 | R (match retour): 05.04.2009 20:00 | vainqueur: ASEC Mimosas | ||||
| H (Match allé) | Étoile du Sahel | - | ASO Chlef | 2:1 | ||
| R (match retour) | ASO Chlef | - | Étoile du Sahel | 0:0 | ||
| H (Match allé): 14.03.2009 17:00 | R (match retour): 03.04.2009 20:00 | vainqueur: Étoile du Sahel | ||||
| H (Match allé) | Heartland FC | - | FAR de Rabat | 3:1 | ||
| R (match retour) | FAR de Rabat | - | Heartland FC | 1:1 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 15:00 | R (match retour): 04.04.2009 17:00 | vainqueur: Heartland FC | ||||
| H (Match allé) | Coton Sport Garoua | - | DC Motema Pembe | 2:1 | ||
| R (match retour) | DC Motema Pembe | - | Coton Sport Garoua | 2:3 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 15:00 | R (match retour): 04.04.2009 | vainqueur: Coton Sport Garoua | ||||
| H (Match allé) | TP Mazembe | - | Petro Atlético | 3:0 | ||
| R (match retour) | Petro Atlético | - | TP Mazembe | 1:2 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 15:30 | R (match retour): 04.04.2009 | vainqueur: TP Mazembe | ||||
| H (Match allé) | Club Africain | - | Djoliba AC | 1:2 | ||
| R (match retour) | Djoliba AC | - | Club Africain | 0:1 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 15:30 | R (match retour): 05.04.2009 18:30 | vainqueur: Djoliba AC | ||||
| H (Match allé) | Asante Kotoko | - | Ittihad Khémisset | 3:1 | ||
| R (match retour) | Ittihad Khémisset | - | Asante Kotoko | 2:0 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 16:00 | R (match retour): 05.04.2009 16:30 | vainqueur: Ittihad Khémisset | ||||
| H (Match allé) | JS Kabylie | - | Al Ahly Tripolis | 1:2 | ||
| R (match retour) | Al Ahly Tripolis | - | JS Kabylie | 1:0 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 16:00 | R (match retour): 04.04.2009 19:00 | vainqueur: Al Ahly Tripolis | ||||
| H (Match allé) | Africa Sports | - | ZESCO United | 0:0 | ||
| R (match retour) | ZESCO United | - | Africa Sports | 1:0 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 16:30 | R (match retour): 04.04.2009 | vainqueur: ZESCO United | ||||
| H (Match allé) | Al Ahly SC | - | Young Africans | 3:0 | ||
| R (match retour) | Young Africans | - | Al Ahly SC | 0:1 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 18:00 | R (match retour): 04.04.2009 14:00 | vainqueur: Al Ahly SC | ||||
| H (Match allé) | Al Hilal Omdurman | - | US Stade Tamponnaise | 3:1 | ||
| R (match retour) | US Stade Tamponnaise | - | Al Hilal Omdurman | 2:1 | ||
| H (Match allé): 15.03.2009 18:00 | R (match retour): 05.04.2009 15:00 | vainqueur: Al Hilal Omdurman | ||||
