H (Match allé) Valur Reykjavík - AS Monaco 1:0 (0:0)
R (match retour) AS Monaco - Valur Reykjavík 2:0 (2:0)
H (Match allé): 06.09.1988 R (match retour): 04.10.1988 vainqueur: AS Monaco
H (Match allé) BFC Dynamo - Werder Bremen 3:0 (1:0)
R (match retour) Werder Bremen - BFC Dynamo 5:0 (1:0)
H (Match allé): 06.09.1988 R (match retour): 11.10.1988 vainqueur: Werder Bremen
H (Match allé) Club Brugge KV - Brøndby IF 1:0 (0:0)
R (match retour) Brøndby IF - Club Brugge KV 2:1 (1:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Club Brugge KV
H (Match allé) Dundalk FC - Crvena Zvezda 0:5 (0:0)
R (match retour) Crvena Zvezda - Dundalk FC 3:0 (1:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Crvena Zvezda
H (Match allé) Górnik Zabrze - Jeunesse Esch 3:0 (2:0)
R (match retour) Jeunesse Esch - Górnik Zabrze 1:4 (1:2)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Górnik Zabrze
H (Match allé) Hamrun Spartans - Nentori Tiranë 2:1 (0:1)
R (match retour) Nentori Tiranë - Hamrun Spartans 2:0 (0:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Nentori Tiranë
H (Match allé) Budapest Honved SE - Celtic FC 1:0 (1:0)
R (match retour) Celtic FC - Budapest Honved SE 4:0 (1:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Celtic FC
H (Match allé) Pezoporikos Larnaca - IFK Göteborg 1:2 (1:1)
R (match retour) IFK Göteborg - Pezoporikos Larnaca 5:1 (4:1)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: IFK Göteborg
H (Match allé) AE Lárissa - Neuchâtel Xamax FC 2:1 (1:0)
R (match retour) Neuchâtel Xamax FC - AE Lárissa 3:0 (0:0, 2:1, 2:1) tab
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Neuchâtel Xamax FC
H (Match allé) FC Porto - HJK Helsinki 3:0 (2:0)
R (match retour) HJK Helsinki - FC Porto 2:0 (0:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: FC Porto
H (Match allé) Rapid Wien - Galatasaray 2:1 (1:0)
R (match retour) Galatasaray - Rapid Wien 2:0 (0:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Galatasaray
H (Match allé) TJ Sparta ČKD Praha - CSA Steaua București 1:5 (1:2)
R (match retour) CSA Steaua București - TJ Sparta ČKD Praha 2:2 (1:1)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: CSA Steaua București
H (Match allé) Spartak Moskva - Glentoran FC 2:0 (0:0)
R (match retour) Glentoran FC - Spartak Moskva 1:1 (0:0)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Spartak Moskva
H (Match allé) Real Madrid - Moss FK 3:0 (3:0)
R (match retour) Moss FK - Real Madrid 0:1 (0:1)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 05.10.1988 vainqueur: Real Madrid
H (Match allé) Vitosha Sofia - AC Milan 0:2 (0:1)
R (match retour) AC Milan - Vitosha Sofia 5:2 (3:1)
H (Match allé): 07.09.1988 R (match retour): 06.10.1988 vainqueur: AC Milan