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| H (Match allé) | Celtic FC | - | Werder Bremen | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Werder Bremen | - | Celtic FC | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 08.11.1988 | vainqueur: Werder Bremen | ||||
| H (Match allé) | Club Brugge KV | - | AS Monaco | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | AS Monaco | - | Club Brugge KV | 6:1 (5:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: AS Monaco | ||||
| H (Match allé) | Nentori Tiranë | - | IFK Göteborg | 0:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | IFK Göteborg | - | Nentori Tiranë | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: IFK Göteborg | ||||
| H (Match allé) | Neuchâtel Xamax FC | - | Galatasaray | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Galatasaray | - | Neuchâtel Xamax FC | 5:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Galatasaray | ||||
| H (Match allé) | AC Milan | - | Crvena Zvezda | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Crvena Zvezda | - | AC Milan | 2:4 (1:1, 1:1, 1:1) tab | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 10.11.1988 | vainqueur: AC Milan | ||||
| H (Match allé) | PSV Eindhoven | - | FC Porto | 5:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | FC Porto | - | PSV Eindhoven | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: PSV Eindhoven | ||||
| H (Match allé) | CSA Steaua București | - | Spartak Moskva | 3:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Spartak Moskva | - | CSA Steaua București | 1:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: CSA Steaua București | ||||
| H (Match allé) | Górnik Zabrze | - | Real Madrid | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Real Madrid | - | Górnik Zabrze | 3:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 10.11.1988 | vainqueur: Real Madrid | ||||
