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| H (Match allé) | Ulisses FC | - | FC Sheriff | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Sheriff | - | Ulisses FC | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 17:00 | R (match retour): 24.07.2012 19:00 | vainqueur: FC Sheriff | ||||
| H (Match allé) | FC Flora | - | FC Basel | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Basel | - | FC Flora | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 17:45 | R (match retour): 24.07.2012 20:00 | vainqueur: FC Basel | ||||
| H (Match allé) | HJK Helsinki | - | KR Reykjavík | 7:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | KR Reykjavík | - | HJK Helsinki | 1:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 18:00 | R (match retour): 24.07.2012 21:15 | vainqueur: HJK Helsinki | ||||
| H (Match allé) | Neftçi PFK | - | FC Zestafoni | 3:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | FC Zestafoni | - | Neftçi PFK | 2:2 (2:1) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 18:00 | R (match retour): 24.07.2012 19:00 | vainqueur: Neftçi PFK | ||||
| H (Match allé) | F91 Dudelange | - | RB Salzburg | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | RB Salzburg | - | F91 Dudelange | 4:3 (2:1) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 18:30 | R (match retour): 24.07.2012 18:00 | vainqueur: F91 Dudelange | ||||
| H (Match allé) | Slovan Liberec | - | Shakter Karaganda | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Shakter Karaganda | - | Slovan Liberec | 1:1 (1:0, 1:0) ap | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 19:00 | R (match retour): 24.07.2012 15:00 | vainqueur: Slovan Liberec | ||||
| H (Match allé) | MŠK Žilina | - | Ironi Kiryat Shmona | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Ironi Kiryat Shmona | - | MŠK Žilina | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 19:30 | R (match retour): 24.07.2012 18:30 | vainqueur: Ironi Kiryat Shmona | ||||
| H (Match allé) | The New Saints | - | Helsingborgs IF | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Helsingborgs IF | - | The New Saints | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 20:15 | R (match retour): 25.07.2012 19:15 | vainqueur: Helsingborgs IF | ||||
| H (Match allé) | KF Skënderbeu | - | Debreceni VSC | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Debreceni VSC | - | KF Skënderbeu | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 20:30 | R (match retour): 24.07.2012 20:30 | vainqueur: Debreceni VSC | ||||
| H (Match allé) | Valletta FC | - | Partizan | 1:4 (0:3) | ||
| R (match retour) | Partizan | - | Valletta FC | 3:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 20:45 | R (match retour): 24.07.2012 20:45 | vainqueur: Partizan | ||||
| H (Match allé) | Shamrock Rovers | - | FK Ekranas | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Ekranas | - | Shamrock Rovers | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2012 21:00 | R (match retour): 24.07.2012 19:00 | vainqueur: FK Ekranas | ||||
| H (Match allé) | BATE Borisov | - | Vardar Skopje | 3:2 (1:0) | ||
| R (match retour) | Vardar Skopje | - | BATE Borisov | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 18.07.2012 18:00 | R (match retour): 25.07.2012 20:00 | vainqueur: BATE Borisov | ||||
| H (Match allé) | AEL Limassol | - | Linfield FC | 3:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | Linfield FC | - | AEL Limassol | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 18.07.2012 19:00 | R (match retour): 25.07.2012 20:45 | vainqueur: AEL Limassol | ||||
| H (Match allé) | NK Maribor | - | Željezničar Sarajevo | 4:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Željezničar Sarajevo | - | NK Maribor | 1:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 18.07.2012 20:00 | R (match retour): 24.07.2012 21:00 | vainqueur: NK Maribor | ||||
| H (Match allé) | PFC Ludogorets Razgrad | - | Dinamo Zagreb | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Zagreb | - | PFC Ludogorets Razgrad | 3:2 (1:2) | ||
| H (Match allé): 18.07.2012 20:00 | R (match retour): 25.07.2012 20:45 | vainqueur: Dinamo Zagreb | ||||
| H (Match allé) | Molde FK | - | FK Ventspils | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Ventspils | - | Molde FK | 1:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 18.07.2012 20:45 | R (match retour): 24.07.2012 17:30 | vainqueur: Molde FK | ||||
| H (Match allé) | FK Budućnost Podgorica | - | Śląsk Wrocław | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Śląsk Wrocław | - | FK Budućnost Podgorica | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 18.07.2012 20:45 | R (match retour): 25.07.2012 20:45 | vainqueur: Śląsk Wrocław | ||||
