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| H (Match allé) | Viktoria Plzeň | - | Željezničar Sarajevo | 4:3 (0:0) | ||
| R (match retour) | Željezničar Sarajevo | - | Viktoria Plzeň | 1:2 (1:2) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 17:30 | R (match retour): 23.07.2013 21:00 | vainqueur: Viktoria Plzeň | ||||
| H (Match allé) | BATE Borisov | - | Shakter Karaganda | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Shakter Karaganda | - | BATE Borisov | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 18:00 | R (match retour): 23.07.2013 15:30 | vainqueur: Shakter Karaganda | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Tbilisi | - | EB/Streymur | 6:1 (2:1) | ||
| R (match retour) | EB/Streymur | - | Dinamo Tbilisi | 1:3 (1:2) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 18:00 | R (match retour): 23.07.2013 20:00 | vainqueur: Dinamo Tbilisi | ||||
| H (Match allé) | FC Sheriff | - | FK Sutjeska | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | FK Sutjeska | - | FC Sheriff | 0:5 (0:1) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 19:00 | R (match retour): 23.07.2013 17:30 | vainqueur: FC Sheriff | ||||
| H (Match allé) | FK Ekranas | - | FH Hafnarfjörður | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | FH Hafnarfjörður | - | FK Ekranas | 2:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 19:00 | R (match retour): 23.07.2013 21:15 | vainqueur: FH Hafnarfjörður | ||||
| H (Match allé) | Birkirkara FC | - | NK Maribor | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | NK Maribor | - | Birkirkara FC | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 19:30 | R (match retour): 24.07.2013 20:00 | vainqueur: NK Maribor | ||||
| H (Match allé) | CS FOLA Esch | - | Dinamo Zagreb | 0:5 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Zagreb | - | CS FOLA Esch | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 19:30 | R (match retour): 23.07.2013 20:45 | vainqueur: Dinamo Zagreb | ||||
| H (Match allé) | FC Steaua Bucureşti | - | Vardar Skopje | 3:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | Vardar Skopje | - | FC Steaua Bucureşti | 1:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 16.07.2013 19:45 | R (match retour): 23.07.2013 20:45 | vainqueur: FC Steaua Bucureşti | ||||
| H (Match allé) | Shirak FC | - | Partizan | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Partizan | - | Shirak FC | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 15:00 | R (match retour): 24.07.2013 20:45 | vainqueur: Partizan | ||||
| H (Match allé) | HJK Helsinki | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | JK Nõmme Kalju | - | HJK Helsinki | 2:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 17:30 | R (match retour): 23.07.2013 17:30 | vainqueur: JK Nõmme Kalju | ||||
| H (Match allé) | Neftçi PFK | - | KF Skënderbeu | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | KF Skënderbeu | - | Neftçi PFK | 1:0 (0:0, 0:0) ap | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 18:00 | R (match retour): 23.07.2013 20:00 | vainqueur: KF Skënderbeu | ||||
| H (Match allé) | Sligo Rovers | - | Molde FK | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Molde FK | - | Sligo Rovers | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 19:00 | R (match retour): 23.07.2013 19:00 | vainqueur: Molde FK | ||||
| H (Match allé) | IF Elfsborg | - | FC Daugava | 7:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | FC Daugava | - | IF Elfsborg | 0:4 (0:1) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 19:00 | R (match retour): 23.07.2013 17:00 | vainqueur: IF Elfsborg | ||||
| H (Match allé) | The New Saints | - | Legia Warszawa | 1:3 (1:0) | ||
| R (match retour) | Legia Warszawa | - | The New Saints | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 20:15 | R (match retour): 24.07.2013 20:45 | vainqueur: Legia Warszawa | ||||
| H (Match allé) | Slovan Bratislava | - | PFC Ludogorets Razgrad | 2:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | PFC Ludogorets Razgrad | - | Slovan Bratislava | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 20:15 | R (match retour): 24.07.2013 19:30 | vainqueur: PFC Ludogorets Razgrad | ||||
| H (Match allé) | Győri ETO FC | - | Maccabi Tel Aviv | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | Maccabi Tel Aviv | - | Győri ETO FC | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 20:30 | R (match retour): 23.07.2013 20:30 | vainqueur: Maccabi Tel Aviv | ||||
| H (Match allé) | Cliftonville FC | - | Celtic FC | 0:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | Celtic FC | - | Cliftonville FC | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.07.2013 20:45 | R (match retour): 23.07.2013 20:45 | vainqueur: Celtic FC | ||||
