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| H (Match allé) | Sokol Živanice | - | FK Baumit Jablonec | 3:6 | ||
| R (match retour) | FK Baumit Jablonec | - | Sokol Živanice | 5:1 | ||
| H (Match allé): 07.10.2009 16:00 | R (match retour): 28.10.2009 14:30 | vainqueur: FK Baumit Jablonec | ||||
| H (Match allé) | 1. FK Příbram | - | Baník Ostrava | 2:0 | ||
| R (match retour) | Baník Ostrava | - | 1. FK Příbram | 0:0 | ||
| H (Match allé): 07.10.2009 16:30 | R (match retour): 27.10.2009 16:30 | vainqueur: 1. FK Příbram | ||||
| H (Match allé) | FC Hradec Králové | - | FK Teplice | 1:2 | ||
| R (match retour) | FK Teplice | - | FC Hradec Králové | 2:1 | ||
| H (Match allé): 07.10.2009 17:00 | R (match retour): 11.11.2009 17:00 | vainqueur: FK Teplice | ||||
| H (Match allé) | Bohemians 1905 | - | Slovan Liberec | 1:2 | ||
| R (match retour) | Slovan Liberec | - | Bohemians 1905 | 1:1 | ||
| H (Match allé): 07.10.2009 18:00 | R (match retour): 28.10.2009 16:00 | vainqueur: Slovan Liberec | ||||
| H (Match allé) | SK Kladno | - | Viktoria Plzeň | 0:3 | ||
| R (match retour) | Viktoria Plzeň | - | SK Kladno | 1:1 | ||
| H (Match allé): 07.10.2009 18:00 | R (match retour): 13.10.2009 18:00 | vainqueur: Viktoria Plzeň | ||||
| H (Match allé) | 1. SC Znojmo | - | Sigma Olomouc | 1:3 | ||
| R (match retour) | Sigma Olomouc | - | 1. SC Znojmo | 0:0 | ||
| H (Match allé): 08.10.2009 16:00 | R (match retour): 28.10.2009 16:30 | vainqueur: Sigma Olomouc | ||||
| H (Match allé) | Dynamo České Budějovice | - | AC Sparta Praha | 0:5 | ||
| R (match retour) | AC Sparta Praha | - | Dynamo České Budějovice | 1:0 | ||
| H (Match allé): 13.10.2009 18:00 | R (match retour): 12.11.2009 18:00 | vainqueur: AC Sparta Praha | ||||
| H (Match allé) | MFK Karviná | - | Slavia Praha | 1:0 | ||
| R (match retour) | Slavia Praha | - | MFK Karviná | 2:0 | ||
| H (Match allé): 14.11.2009 14:00 | R (match retour): 25.11.2009 17:30 | vainqueur: Slavia Praha | ||||
