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| H (Match allé) | FK Vllaznia | - | Sliema Wanderers | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Sliema Wanderers | - | FK Vllaznia | 0:4 (0:1) | ||
| H (Match allé): 13.09.1987 | R (match retour): 29.09.1987 | vainqueur: FK Vllaznia | ||||
| H (Match allé) | Avenir Beggen | - | Hamburger SV | 0:5 (0:2) | ||
| R (match retour) | Hamburger SV | - | Avenir Beggen | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Hamburger SV | ||||
| H (Match allé) | Sporting CP | - | FC Tirol | 4:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | FC Tirol | - | Sporting CP | 4:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Sporting CP | ||||
| H (Match allé) | ÍA Akranes | - | Kalmar FF | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Kalmar FF | - | ÍA Akranes | 1:0 (0:0, 0:0) ap | ||
| H (Match allé): 15.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Kalmar FF | ||||
| H (Match allé) | Rovaniemi PS | - | Glentoran FC | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Glentoran FC | - | Rovaniemi PS | 1:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 28.09.1987 | vainqueur: Rovaniemi PS | ||||
| H (Match allé) | Real Sociedad | - | Śląsk Wrocław | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Śląsk Wrocław | - | Real Sociedad | 0:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Real Sociedad | ||||
| H (Match allé) | 1. FC Lokomotive Leipzig | - | Olympique Marseille | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Olympique Marseille | - | 1. FC Lokomotive Leipzig | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Olympique Marseille | ||||
| H (Match allé) | KV Mechelen | - | Dinamo Bucureşti | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Bucureşti | - | KV Mechelen | 0:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: KV Mechelen | ||||
| H (Match allé) | Aalborg BK | - | Hajduk Split | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Hajduk Split | - | Aalborg BK | 4:2 (1:0, 1:0, 1:0) tab | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Hajduk Split | ||||
| H (Match allé) | AFC Ajax | - | Dundalk FC | 4:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dundalk FC | - | AFC Ajax | 0:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: AFC Ajax | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Minsk | - | Gençlerbirliği | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Gençlerbirliği | - | Dinamo Minsk | 1:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Dinamo Minsk | ||||
| H (Match allé) | FC DAC 1904 | - | BSC Young Boys | 2:1 (2:1) | ||
| R (match retour) | BSC Young Boys | - | FC DAC 1904 | 3:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: BSC Young Boys | ||||
| H (Match allé) | Vitosha Sofia | - | OFI Heraklion | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | OFI Heraklion | - | Vitosha Sofia | 3:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: OFI Heraklion | ||||
| H (Match allé) | Újpesti Dózsa SC | - | FC Den Haag | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FC Den Haag | - | Újpesti Dózsa SC | 3:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: FC Den Haag | ||||
| H (Match allé) | St. Mirren FC | - | Tromsø IL | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Tromsø IL | - | St. Mirren FC | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: St. Mirren FC | ||||
| H (Match allé) | Merthyr Tydfil FC | - | Atalanta | 2:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Atalanta | - | Merthyr Tydfil FC | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Atalanta | ||||
