H (Match allé) Rudar Velenje - Constructorul Chişinău 2:0 (1:0)
R (match retour) Constructorul Chişinău - Rudar Velenje 0:0 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Rudar Velenje
H (Match allé) FC Vaduz - Helsingborgs IF 0:2 (0:1)
R (match retour) Helsingborgs IF - FC Vaduz 3:0 (1:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Helsingborgs IF
H (Match allé) Lausanne Sports - Tsement Ararat 5:1 (1:1)
R (match retour) Tsement Ararat - Lausanne Sports 1:2 (1:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Lausanne Sports
H (Match allé) Cork City - CSKA Kiev 2:1 (2:0)
R (match retour) CSKA Kiev - Cork City 2:0 (1:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: CSKA Kiev
H (Match allé) FK Ekranas - Apollon Limassol 1:2 (1:1)
R (match retour) Apollon Limassol - FK Ekranas 3:3 (0:2)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Apollon Limassol
H (Match allé) KF Apolonia Fier - KRC Genk 1:5 (1:3)
R (match retour) KRC Genk - KF Apolonia Fier 4:0 (1:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: KRC Genk
H (Match allé) Bangor City - Haka Valkeakoski 0:2 (0:1)
R (match retour) Haka Valkeakoski - Bangor City 1:0 (1:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Haka Valkeakoski
H (Match allé) Levski Sofia - Lokomotiv-96 Vitebsk 8:1 (5:1)
R (match retour) Lokomotiv-96 Vitebsk - Levski Sofia 1:1 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Levski Sofia
H (Match allé) FK Liepājas Metalurgs - Keflavík ÍF 4:2 (0:0)
R (match retour) Keflavík ÍF - FK Liepājas Metalurgs 1:0 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: FK Liepājas Metalurgs
H (Match allé) CS Grevenmacher - Rapid Bucureşti 2:6 (1:1)
R (match retour) Rapid Bucureşti - CS Grevenmacher 2:0 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Rapid Bucureşti
H (Match allé) Lantana Tallinn - Heart of Midlothian 0:1 (0:1)
R (match retour) Heart of Midlothian - Lantana Tallinn 5:0 (3:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Heart of Midlothian
H (Match allé) GÍ Gøta - MTK Hungaria 1:3 (1:2)
R (match retour) MTK Hungaria - GÍ Gøta 7:0 (3:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: MTK Hungaria
H (Match allé) Glentoran FC - Maccabi Haifa 0:1 (0:1)
R (match retour) Maccabi Haifa - Glentoran FC 2:1 (1:1)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Maccabi Haifa
H (Match allé) Vardar Skopje - Spartak Trnava 0:1 (0:0)
R (match retour) Spartak Trnava - Vardar Skopje 2:0 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Spartak Trnava
H (Match allé) Amica Wronki - Hibernians FC 4:0 (1:0)
R (match retour) Hibernians FC - Amica Wronki 0:1 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Amica Wronki
H (Match allé) FC København - Qarabağ FK 6:0 (6:0)
R (match retour) Qarabağ FK - FC København 0:4 (0:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: FC København
H (Match allé) Partizan - Dinamo Batumi 2:0 (2:0)
R (match retour) Dinamo Batumi - Partizan 1:0 (1:0)
H (Match allé): 13.08.1998 R (match retour): 27.08.1998 vainqueur: Partizan