H (Match allé) Elche CF - Benidorm CD 1:1
R (match retour) Benidorm CD - Elche CF 2:1
H (Match allé): 23.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: Benidorm CD
H (Match allé) UD Las Palmas - SD Compostela 2:0
R (match retour) SD Compostela - UD Las Palmas 1:0
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: UD Las Palmas
H (Match allé) CD Tropezón - UE Lleida 0:0
R (match retour) UE Lleida - CD Tropezón 4:0
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: UE Lleida
H (Match allé) CD Ourense - Sporting Gijón 0:0
R (match retour) Sporting Gijón - CD Ourense 4:3 tab
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: Sporting Gijón
H (Match allé) CD Binéfar - CA Osasuna 0:0
R (match retour) CA Osasuna - CD Binéfar 2:0
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: CA Osasuna
H (Match allé) UD SS Reyes - Albacete 2:1
R (match retour) Albacete - UD SS Reyes 2:2
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: UD SS Reyes
H (Match allé) Cartagonova FC - Levante UD 0:2
R (match retour) Levante UD - Cartagonova FC 4:1
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 06.10.1998 vainqueur: Levante UD
H (Match allé) CP Cacereño - Sevilla FC 0:4
R (match retour) Sevilla FC - CP Cacereño 2:2
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 06.10.1998 vainqueur: Sevilla FC
H (Match allé) Jerez CF - Recreativo Huelva 2:1
R (match retour) Recreativo Huelva - Jerez CF 0:1
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: Jerez CF
H (Match allé) Cádiz CF - Málaga CF 1:3
R (match retour) Málaga CF - Cádiz CF 3:0
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: Málaga CF
H (Match allé) SD Beasain - CD Logroñés 3:1
R (match retour) CD Logroñés - SD Beasain 0:0
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: SD Beasain
H (Match allé) Barakaldo CF - CD Numancia 0:2
R (match retour) CD Numancia - Barakaldo CF 3:2
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: CD Numancia
H (Match allé) Talavera CF - CD Leganés 0:0
R (match retour) CD Leganés - Talavera CF 1:1
H (Match allé): 24.09.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: Talavera CF
H (Match allé) AD Ceuta - CD Badajoz 0:1
R (match retour) CD Badajoz - AD Ceuta 2:1
H (Match allé): 01.10.1998 R (match retour): 07.10.1998 vainqueur: CD Badajoz