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| 29.07.2016 | 18:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:3 (0:2) | |
| 18:00 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Levadia | 0:4 (0:2) | ||
| 30.07.2016 | 15:00 | FC Infonet | - | JK Narva Trans | 4:3 (3:1) | |
| 18:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Tammeka | 5:1 (1:1) | ||
| 25.10.2016 | 18:00 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 (0:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 21 | 15 | 4 | 2 | 52:22 | 30 | 49 |
| 2 |
|
FC Levadia | 21 | 14 | 4 | 3 | 42:17 | 25 | 46 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 21 | 13 | 6 | 2 | 42:13 | 29 | 45 |
| 4 |
|
FC Flora | 21 | 11 | 7 | 3 | 50:14 | 36 | 40 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 21 | 8 | 7 | 6 | 35:26 | 9 | 31 |
| 6 |
|
JK Tammeka | 21 | 7 | 5 | 9 | 22:36 | -14 | 26 |
| 7 |
|
Paide Linnameeskond | 21 | 7 | 4 | 10 | 31:38 | -7 | 25 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 21 | 5 | 5 | 11 | 32:44 | -12 | 20 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 21 | 3 | 1 | 17 | 9:47 | -38 | 10 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 21 | 0 | 1 | 20 | 10:68 | -58 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
