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| 30.09.2016 | 18:00 | JK Tammeka | - | Paide Linnameeskond | 1:4 (1:0) | |
| 01.10.2016 | 12:00 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Flora | 1:6 (0:2) | |
| 12:00 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Narva Trans | 0:6 (0:0) | ||
| 12:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Sillamäe Kalev | 3:1 (2:1) | ||
| 15:00 | FC Levadia | - | FC Infonet | 2:2 (1:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 32 | 21 | 7 | 4 | 68:31 | 37 | 70 |
| 2 |
|
FC Levadia | 32 | 21 | 6 | 5 | 70:26 | 44 | 69 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 32 | 20 | 9 | 3 | 66:24 | 42 | 69 |
| 4 |
|
FC Flora | 32 | 19 | 9 | 4 | 86:26 | 60 | 66 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 32 | 12 | 8 | 12 | 55:48 | 7 | 44 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 32 | 13 | 5 | 14 | 55:54 | 1 | 44 |
| 7 |
|
JK Narva Trans | 32 | 10 | 6 | 16 | 53:65 | -12 | 36 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 32 | 10 | 5 | 17 | 38:62 | -24 | 35 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 32 | 5 | 1 | 26 | 22:85 | -63 | 16 |
| 10 |
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Rakvere JK Tarvas | 32 | 0 | 2 | 30 | 14:106 | -92 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
