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| 28.10.2016 | 18:00 | FC Infonet | - | Paide Linnameeskond | 3:1 (1:1) | |
| 29.10.2016 | 12:00 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Levadia | 0:1 (0:0) | |
| 12:00 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 1:7 (0:5) | ||
| 15:00 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:3 (0:0) | ||
| 18:00 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:1 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 35 | 23 | 8 | 4 | 72:32 | 40 | 77 |
| 2 |
|
FC Levadia | 35 | 23 | 6 | 6 | 75:29 | 46 | 75 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 35 | 22 | 9 | 4 | 69:26 | 43 | 75 |
| 4 |
|
FC Flora | 35 | 21 | 10 | 4 | 95:29 | 66 | 73 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 35 | 13 | 9 | 13 | 62:55 | 7 | 48 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 35 | 14 | 5 | 16 | 58:61 | -3 | 47 |
| 7 |
|
JK Narva Trans | 35 | 11 | 7 | 17 | 60:68 | -8 | 40 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 35 | 11 | 5 | 19 | 40:65 | -25 | 38 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 35 | 5 | 2 | 28 | 24:95 | -71 | 17 |
| 10 |
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Rakvere JK Tarvas | 35 | 0 | 3 | 32 | 15:110 | -95 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
