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| H (Match allé) | Khazar Lankaran | - | Lech Poznań | 1:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Lech Poznań | - | Khazar Lankaran | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:00 | vainqueur: Lech Poznań | ||||
| H (Match allé) | Naftan Novopolotsk | - | Crvena Zvezda | 3:4 (0:3) | ||
| R (match retour) | Crvena Zvezda | - | Naftan Novopolotsk | 3:3 (2:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:30 | vainqueur: Crvena Zvezda | ||||
| H (Match allé) | FC Milsami | - | FK Aktobe | 4:2 (2:1) | ||
| R (match retour) | FK Aktobe | - | FC Milsami | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:00 | R (match retour): 26.07.2012 18:00 | vainqueur: FK Aktobe | ||||
| H (Match allé) | Anzhi Makhachkala | - | Budapest Honvéd | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Budapest Honvéd | - | Anzhi Makhachkala | 0:4 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:00 | R (match retour): 26.07.2012 18:30 | vainqueur: Anzhi Makhachkala | ||||
| H (Match allé) | FK Liepājas Metalurgs | - | Legia Warszawa | 2:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Legia Warszawa | - | FK Liepājas Metalurgs | 5:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:30 | vainqueur: Legia Warszawa | ||||
| H (Match allé) | FK Renova | - | FK Gomel | 0:2 (0:2) | ||
| R (match retour) | FK Gomel | - | FK Renova | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:30 | R (match retour): 26.07.2012 18:00 | vainqueur: FK Gomel | ||||
| H (Match allé) | Lokomotiv Plovdiv | - | Vitesse | 4:4 (1:2) | ||
| R (match retour) | Vitesse | - | Lokomotiv Plovdiv | 3:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:30 | R (match retour): 26.07.2012 20:00 | vainqueur: Vitesse | ||||
| H (Match allé) | FC Levadia | - | Anorthosis Famagusta | 1:3 (0:1) | ||
| R (match retour) | Anorthosis Famagusta | - | FC Levadia | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 17:45 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: Anorthosis Famagusta | ||||
| H (Match allé) | JJK Jyväskylä | - | FK Zeta | 3:2 (2:2) | ||
| R (match retour) | FK Zeta | - | JJK Jyväskylä | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 18:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:00 | vainqueur: FK Zeta | ||||
| H (Match allé) | Metalurgi Rustavi | - | Viktoria Plzeň | 1:3 (1:2) | ||
| R (match retour) | Viktoria Plzeň | - | Metalurgi Rustavi | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 18:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:00 | vainqueur: Viktoria Plzeň | ||||
| H (Match allé) | Inter Baku | - | Asteras Tripolis | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Asteras Tripolis | - | Inter Baku | 4:2 (0:0, 1:1, 1:1) tab | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 18:00 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: Asteras Tripolis | ||||
| H (Match allé) | Olimpija Ljubljana | - | Tromsø IL | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Tromsø IL | - | Olimpija Ljubljana | 1:0 (0:0, 0:0) ap | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 18:00 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: Tromsø IL | ||||
| H (Match allé) | FC Differdange 03 | - | KAA Gent | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | KAA Gent | - | FC Differdange 03 | 3:2 (1:2) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 18:30 | R (match retour): 26.07.2012 19:30 | vainqueur: KAA Gent | ||||
| H (Match allé) | Shakhter Soligorsk | - | SV Ried | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | SV Ried | - | Shakhter Soligorsk | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 18:30 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: SV Ried | ||||
| H (Match allé) | Eskişehirspor | - | St. Johnstone FC | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | St. Johnstone FC | - | Eskişehirspor | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:45 | vainqueur: Eskişehirspor | ||||
| H (Match allé) | AIK Solna | - | FH Hafnarfjörður | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | FH Hafnarfjörður | - | AIK Solna | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 21:15 | vainqueur: AIK Solna | ||||
| H (Match allé) | KF Tiranë | - | Aalesunds FK | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Aalesunds FK | - | KF Tiranë | 5:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: Aalesunds FK | ||||
| H (Match allé) | Metalurh Donetsk | - | FK Čelik Nikšić | 7:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | FK Čelik Nikšić | - | Metalurh Donetsk | 2:4 (1:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 17:30 | vainqueur: Metalurh Donetsk | ||||
| H (Match allé) | FK Mladá Boleslav | - | Þór Akureyri | 3:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | Þór Akureyri | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 21:15 | vainqueur: FK Mladá Boleslav | ||||
| H (Match allé) | Slaven Belupo | - | Portadown FC | 6:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | Portadown FC | - | Slaven Belupo | 2:4 (1:2) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:45 | vainqueur: Slaven Belupo | ||||
| H (Match allé) | Levski Sofia | - | FK Sarajevo | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Sarajevo | - | Levski Sofia | 3:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 21:00 | vainqueur: FK Sarajevo | ||||
| H (Match allé) | Bnei Yehuda Tel Aviv | - | Shirak FC | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Shirak FC | - | Bnei Yehuda Tel Aviv | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 15:30 | vainqueur: Bnei Yehuda Tel Aviv | ||||
| H (Match allé) | Rosenborg BK | - | FK Ordabasy | 2:2 (2:0) | ||
| R (match retour) | FK Ordabasy | - | Rosenborg BK | 1:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 16:00 | vainqueur: Rosenborg BK | ||||
| H (Match allé) | Spartak Trnava | - | Sligo Rovers | 3:1 (3:0) | ||
| R (match retour) | Sligo Rovers | - | Spartak Trnava | 1:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:00 | vainqueur: Spartak Trnava | ||||
| H (Match allé) | APOEL Nikosia | - | FK Senica | 2:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | FK Senica | - | APOEL Nikosia | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 19:30 | vainqueur: APOEL Nikosia | ||||
| H (Match allé) | Ruch Chorzów | - | Metalurg Skopje | 3:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Metalurg Skopje | - | Ruch Chorzów | 0:3 (0:2) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 17:00 | vainqueur: Ruch Chorzów | ||||
| H (Match allé) | Aarhus GF | - | Dila Gori | 1:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Dila Gori | - | Aarhus GF | 3:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:00 | R (match retour): 26.07.2012 16:00 | vainqueur: Dila Gori | ||||
| H (Match allé) | Dacia Chişinău | - | IF Elfsborg | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | IF Elfsborg | - | Dacia Chişinău | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:15 | R (match retour): 26.07.2012 18:00 | vainqueur: IF Elfsborg | ||||
| H (Match allé) | BSC Young Boys | - | FC Zimbru | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Zimbru | - | BSC Young Boys | 1:4 (1:0, 1:0, 1:0) tab | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:30 | R (match retour): 26.07.2012 19:15 | vainqueur: BSC Young Boys | ||||
| H (Match allé) | VMFD Žalgiris | - | FC Admira Wacker | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | FC Admira Wacker | - | VMFD Žalgiris | 5:1 (3:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:30 | R (match retour): 26.07.2012 21:05 | vainqueur: FC Admira Wacker | ||||
| H (Match allé) | Rapid Bucureşti | - | MyPa-47 | 3:1 (3:1) | ||
| R (match retour) | MyPa-47 | - | Rapid Bucureşti | 0:2 (0:2) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:30 | R (match retour): 26.07.2012 18:30 | vainqueur: Rapid Bucureşti | ||||
| H (Match allé) | Servette FC | - | Gandzasar Kapan | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Gandzasar Kapan | - | Servette FC | 1:3 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:45 | R (match retour): 26.07.2012 17:00 | vainqueur: Servette FC | ||||
| H (Match allé) | FC Twente | - | Inter Turku | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Inter Turku | - | FC Twente | 0:5 (0:3) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 19:45 | R (match retour): 26.07.2012 18:00 | vainqueur: FC Twente | ||||
| H (Match allé) | Maccabi Netanya | - | Kuopion PS | 1:2 (0:2) | ||
| R (match retour) | Kuopion PS | - | Maccabi Netanya | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 20:00 | R (match retour): 26.07.2012 17:30 | vainqueur: Kuopion PS | ||||
| H (Match allé) | NK Osijek | - | Kalmar FF | 1:3 (1:1) | ||
| R (match retour) | Kalmar FF | - | NK Osijek | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 20:00 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: Kalmar FF | ||||
| H (Match allé) | ND Mura 05 | - | CSKA Sofia | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | CSKA Sofia | - | ND Mura 05 | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 20:00 | R (match retour): 26.07.2012 19:00 | vainqueur: ND Mura 05 | ||||
| H (Match allé) | Slovan Bratislava | - | Videoton FC | 1:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Videoton FC | - | Slovan Bratislava | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 20:15 | R (match retour): 26.07.2012 20:30 | vainqueur: Videoton FC | ||||
| H (Match allé) | Hajduk Split | - | Skonto FC | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Skonto FC | - | Hajduk Split | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 20:30 | R (match retour): 26.07.2012 20:30 | vainqueur: Hajduk Split | ||||
| H (Match allé) | Vojvodina | - | FK Sūduva | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Sūduva | - | Vojvodina | 0:4 (0:3) | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 20:30 | R (match retour): 26.07.2012 18:30 | vainqueur: Vojvodina | ||||
| H (Match allé) | Široki Brijeg | - | St Patrick's Athletic | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | St Patrick's Athletic | - | Široki Brijeg | 2:1 (1:0, 1:1) ap | ||
| H (Match allé): 19.07.2012 21:00 | R (match retour): 26.07.2012 20:45 | vainqueur: St Patrick's Athletic | ||||
