H (Match allé) Bayern München - FC DAC 1904 3:1 (1:0)
R (match retour) FC DAC 1904 - Bayern München 0:2 (0:2)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Bayern München
H (Match allé) 1. FC Köln - Rangers FC 2:0 (0:0)
R (match retour) Rangers FC - 1. FC Köln 1:1 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: 1. FC Köln
H (Match allé) Dinamo Zagreb - VfB Stuttgart 1:3 (0:1)
R (match retour) VfB Stuttgart - Dinamo Zagreb 1:1 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: VfB Stuttgart
H (Match allé) Partizan - AS Roma 4:2 (2:1)
R (match retour) AS Roma - Partizan 2:0 (1:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: AS Roma
H (Match allé) Velež Mostar - Os Belenenses 0:0 (0:0)
R (match retour) Os Belenenses - Velež Mostar 3:4 (0:0, 0:0, 0:0) tab
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Velež Mostar
H (Match allé) Sporting CP - Real Sociedad 1:2 (1:1)
R (match retour) Real Sociedad - Sporting CP 0:0 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Real Sociedad
H (Match allé) Heart of Midlothian - Austria Wien 0:0 (0:0)
R (match retour) Austria Wien - Heart of Midlothian 0:1 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Heart of Midlothian
H (Match allé) 1. FC Lokomotive Leipzig - SSC Napoli 1:1 (0:0)
R (match retour) SSC Napoli - 1. FC Lokomotive Leipzig 2:0 (1:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: SSC Napoli
H (Match allé) Újpesti Dózsa SC - Girondins Bordeaux 0:1 (0:1)
R (match retour) Girondins Bordeaux - Újpesti Dózsa SC 1:0 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Girondins Bordeaux
H (Match allé) Juventus - Athletic Bilbao 5:1 (3:1)
R (match retour) Athletic Bilbao - Juventus 3:2 (0:1)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Juventus
H (Match allé) Dynamo Dresden - KSV Waregem 4:1 (3:0)
R (match retour) KSV Waregem - Dynamo Dresden 2:1 (1:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Dynamo Dresden
H (Match allé) First Vienna FC - TPS Turku 2:1 (1:1)
R (match retour) TPS Turku - First Vienna FC 1:0 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: TPS Turku
H (Match allé) Malmö FF - Inter 0:1 (0:0)
R (match retour) Inter - Malmö FF 1:1 (1:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Inter
H (Match allé) RFC de Liège - SL Benfica 2:1 (0:0)
R (match retour) SL Benfica - RFC de Liège 1:1 (0:1)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: RFC de Liège
H (Match allé) FC Groningen - Servette FC 2:0 (1:0)
R (match retour) Servette FC - FC Groningen 1:1 (1:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: FC Groningen
H (Match allé) Dinamo Minsk - Victoria Bucuresti 2:1 (1:0)
R (match retour) Victoria Bucuresti - Dinamo Minsk 1:0 (0:0)
H (Match allé): 26.10.1988 R (match retour): 09.11.1988 vainqueur: Victoria Bucuresti