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| H (Match allé) | ŁKS Łódź | - | AS Monaco | 1:3 (1:0) | ||
| R (match retour) | AS Monaco | - | ŁKS Łódź | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 15:30 | R (match retour): 29.09.1998 20:15 | vainqueur: AS Monaco | ||||
| H (Match allé) | Silkeborg IF | - | AS Roma | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | AS Roma | - | Silkeborg IF | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 16:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:45 | vainqueur: AS Roma | ||||
| H (Match allé) | SK Brann | - | Werder Bremen | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Werder Bremen | - | SK Brann | 4:0 (1:0, 2:0) ap | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 17:00 | R (match retour): 29.09.1998 18:30 | vainqueur: Werder Bremen | ||||
| H (Match allé) | Argeș Pitești | - | RC Celta | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | RC Celta | - | Argeș Pitești | 7:0 (4:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 17:00 | R (match retour): 29.09.1998 21:15 | vainqueur: RC Celta | ||||
| H (Match allé) | Crvena Zvezda | - | FC Metz | 2:1 (2:0) | ||
| R (match retour) | FC Metz | - | Crvena Zvezda | 3:4 (1:1, 2:1, 2:1) tab | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 18:00 | R (match retour): 29.09.1998 18:30 | vainqueur: Crvena Zvezda | ||||
| H (Match allé) | Willem II | - | Dinamo Tbilisi | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Tbilisi | - | Willem II | 0:3 (0:1) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 18:30 | R (match retour): 29.09.1998 19:30 | vainqueur: Willem II | ||||
| H (Match allé) | Sigma Olomouc | - | Olympique Marseille | 2:2 (2:1) | ||
| R (match retour) | Olympique Marseille | - | Sigma Olomouc | 4:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:00 | R (match retour): 29.09.1998 19:00 | vainqueur: Olympique Marseille | ||||
| H (Match allé) | FC Schalke 04 | - | Slavia Praha | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Slavia Praha | - | FC Schalke 04 | 5:4 (1:0, 1:0, 1:0) tab | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:00 | R (match retour): 29.09.1998 16:00 | vainqueur: Slavia Praha | ||||
| H (Match allé) | Maribor Teatanic | - | Wisła Kraków | 0:2 (0:2) | ||
| R (match retour) | Wisła Kraków | - | Maribor Teatanic | 3:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:00 | R (match retour): 29.09.1998 15:00 | vainqueur: Wisła Kraków | ||||
| H (Match allé) | PFC Litex Lovech | - | Grazer AK | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Grazer AK | - | PFC Litex Lovech | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:00 | R (match retour): 29.09.1998 18:30 | vainqueur: Grazer AK | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Moskva | - | Skonto FC | 2:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Skonto FC | - | Dinamo Moskva | 2:3 (0:1) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:00 | R (match retour): 29.09.1998 18:30 | vainqueur: Dinamo Moskva | ||||
| H (Match allé) | Fenerbahçe | - | Parma AC | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Parma AC | - | Fenerbahçe | 3:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:45 | vainqueur: Parma AC | ||||
| H (Match allé) | Leeds United | - | CS Marítimo | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | CS Marítimo | - | Leeds United | 1:4 (1:0, 1:0, 1:0) tab | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:45 | R (match retour): 29.09.1998 22:00 | vainqueur: Leeds United | ||||
| H (Match allé) | Aston Villa | - | Strømsgodset IF | 3:2 (0:2) | ||
| R (match retour) | Strømsgodset IF | - | Aston Villa | 0:3 (0:2) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 19:45 | R (match retour): 29.09.1998 18:00 | vainqueur: Aston Villa | ||||
| H (Match allé) | Újpest FC | - | Club Brugge KV | 0:5 (0:3) | ||
| R (match retour) | Club Brugge KV | - | Újpest FC | 2:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:15 | vainqueur: Club Brugge KV | ||||
| H (Match allé) | Vitesse | - | AEK Athen | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | AEK Athen | - | Vitesse | 3:3 (1:2) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 21:00 | vainqueur: Vitesse | ||||
| H (Match allé) | FC Zürich | - | Anorthosis Famagusta | 4:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Anorthosis Famagusta | - | FC Zürich | 2:3 (1:2) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:00 | vainqueur: FC Zürich | ||||
| H (Match allé) | Beitar Jerusalem | - | Rangers FC | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Rangers FC | - | Beitar Jerusalem | 4:2 (2:1) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:45 | vainqueur: Rangers FC | ||||
| H (Match allé) | Servette FC | - | CSKA Sofia | 2:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | CSKA Sofia | - | Servette FC | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 18:00 | vainqueur: CSKA Sofia | ||||
| H (Match allé) | 1. FC Košice | - | Liverpool FC | 0:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | Liverpool FC | - | 1. FC Košice | 5:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:00 | vainqueur: Liverpool FC | ||||
| H (Match allé) | ACF Fiorentina | - | Hajduk Split | 2:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Hajduk Split | - | ACF Fiorentina | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 18:00 | vainqueur: ACF Fiorentina | ||||
| H (Match allé) | Blackburn Rovers | - | Olympique Lyon | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Olympique Lyon | - | Blackburn Rovers | 2:2 (2:1) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:00 | R (match retour): 29.09.1998 21:00 | vainqueur: Olympique Lyon | ||||
| H (Match allé) | AC Sparta Praha | - | Real Sociedad | 2:4 (2:1) | ||
| R (match retour) | Real Sociedad | - | AC Sparta Praha | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:15 | R (match retour): 29.09.1998 20:00 | vainqueur: Real Sociedad | ||||
| H (Match allé) | Vejle BK | - | Real Betis | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Real Betis | - | Vejle BK | 5:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:30 | R (match retour): 29.09.1998 21:30 | vainqueur: Real Betis | ||||
| H (Match allé) | Udinese Calcio | - | Bayer Leverkusen | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Bayer Leverkusen | - | Udinese Calcio | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:45 | R (match retour): 29.09.1998 21:00 | vainqueur: Bayer Leverkusen | ||||
| H (Match allé) | Girondins Bordeaux | - | Rapid Wien | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Rapid Wien | - | Girondins Bordeaux | 1:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:45 | R (match retour): 29.09.1998 20:30 | vainqueur: Girondins Bordeaux | ||||
| H (Match allé) | VfB Stuttgart | - | Feyenoord | 1:3 (1:3) | ||
| R (match retour) | Feyenoord | - | VfB Stuttgart | 0:3 (0:1) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 20:45 | R (match retour): 29.09.1998 20:15 | vainqueur: VfB Stuttgart | ||||
| H (Match allé) | AFC Steaua București | - | Valencia CF | 3:4 (1:2) | ||
| R (match retour) | Valencia CF | - | AFC Steaua București | 3:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 21:30 | R (match retour): 29.09.1998 21:30 | vainqueur: Valencia CF | ||||
| H (Match allé) | Atlético Madrid | - | FK Obilić | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FK Obilić | - | Atlético Madrid | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 21:30 | R (match retour): 29.09.1998 20:30 | vainqueur: Atlético Madrid | ||||
| H (Match allé) | Vitória Guimarães | - | Celtic FC | 1:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Celtic FC | - | Vitória Guimarães | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 22:00 | R (match retour): 29.09.1998 19:45 | vainqueur: Celtic FC | ||||
| H (Match allé) | Sporting CP | - | Bologna FC | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Bologna FC | - | Sporting CP | 2:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 15.09.1998 22:30 | R (match retour): 29.09.1998 16:00 | vainqueur: Bologna FC | ||||
| H (Match allé) | RSC Anderlecht | - | Grasshopper Club Zürich | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | Grasshopper Club Zürich | - | RSC Anderlecht | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1998 18:00 | R (match retour): 29.09.1998 20:15 | vainqueur: Grasshopper Club Zürich | ||||
