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| H (Match allé) | Sigma Olomouc | - | Kilmarnock FC | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Kilmarnock FC | - | Sigma Olomouc | 0:2 (0:2) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 16:30 | R (match retour): 25.08.1998 20:45 | vainqueur: Sigma Olomouc | ||||
| H (Match allé) | Polonia Warszawa | - | Dinamo Moskva | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Moskva | - | Polonia Warszawa | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 17:00 | R (match retour): 25.08.1998 17:00 | vainqueur: Dinamo Moskva | ||||
| H (Match allé) | Hapoel Tel Aviv | - | Strømsgodset IF | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Strømsgodset IF | - | Hapoel Tel Aviv | 4:2 (1:0, 1:0, 1:0) tab | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 17:00 | R (match retour): 25.08.1998 19:05 | vainqueur: Strømsgodset IF | ||||
| H (Match allé) | Wisła Kraków | - | Trabzonspor | 5:1 (2:0) | ||
| R (match retour) | Trabzonspor | - | Wisła Kraków | 1:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 17:00 | R (match retour): 25.08.1998 19:30 | vainqueur: Wisła Kraków | ||||
| H (Match allé) | Argeș Pitești | - | İstanbulspor AŞ | 2:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | İstanbulspor AŞ | - | Argeș Pitești | 4:2 (2:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 17:15 | R (match retour): 27.08.1998 19:30 | vainqueur: Argeș Pitești | ||||
| H (Match allé) | NK Mura Murska Sobota | - | Silkeborg IF | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Silkeborg IF | - | NK Mura Murska Sobota | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 17:30 | R (match retour): 25.08.1998 19:00 | vainqueur: Silkeborg IF | ||||
| H (Match allé) | SK Brann | - | FK Zalgiris | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Zalgiris | - | SK Brann | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 18:00 | R (match retour): 25.08.1998 16:00 | vainqueur: SK Brann | ||||
| H (Match allé) | Vaasan PS | - | Grazer AK | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Grazer AK | - | Vaasan PS | 3:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 18:00 | R (match retour): 25.08.1998 20:30 | vainqueur: Grazer AK | ||||
| H (Match allé) | Molde FK | - | CSKA Sofia | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | CSKA Sofia | - | Molde FK | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 19:00 | R (match retour): 25.08.1998 17:00 | vainqueur: CSKA Sofia | ||||
| H (Match allé) | Slavia Praha | - | FK AŠK Inter Slovnaft Bratislava | 4:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FK AŠK Inter Slovnaft Bratislava | - | Slavia Praha | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 19:00 | R (match retour): 25.08.1998 19:00 | vainqueur: Slavia Praha | ||||
| H (Match allé) | IFK Göteborg | - | Fenerbahçe | 2:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Fenerbahçe | - | IFK Göteborg | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 19:30 | R (match retour): 25.08.1998 19:30 | vainqueur: Fenerbahçe | ||||
| H (Match allé) | Crvena Zvezda | - | Rotor Volgograd (1929-2005) | 2:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Rotor Volgograd (1929-2005) | - | Crvena Zvezda | 1:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:00 | R (match retour): 25.08.1998 18:00 | vainqueur: Crvena Zvezda | ||||
| H (Match allé) | Ferencvárosi TC | - | AEK Athen | 4:2 (2:0) | ||
| R (match retour) | AEK Athen | - | Ferencvárosi TC | 4:0 (3:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:00 | R (match retour): 25.08.1998 20:00 | vainqueur: AEK Athen | ||||
| H (Match allé) | Vejle BK | - | Oţelul Galaţi | 3:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | Oţelul Galaţi | - | Vejle BK | 0:3 (0:2) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:00 | R (match retour): 25.08.1998 16:00 | vainqueur: Vejle BK | ||||
| H (Match allé) | NK Osijek | - | RSC Anderlecht | 3:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | RSC Anderlecht | - | NK Osijek | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:00 | R (match retour): 25.08.1998 20:00 | vainqueur: RSC Anderlecht | ||||
| H (Match allé) | KFC Germinal Ekeren | - | Servette FC | 1:4 (0:2) | ||
| R (match retour) | Servette FC | - | KFC Germinal Ekeren | 1:2 (0:2) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:15 | R (match retour): 25.08.1998 20:00 | vainqueur: Servette FC | ||||
| H (Match allé) | Hajduk Split | - | Malmö FF | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Malmö FF | - | Hajduk Split | 1:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:15 | R (match retour): 25.08.1998 19:00 | vainqueur: Hajduk Split | ||||
| H (Match allé) | Omonia Nikosia | - | Rapid Wien | 3:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Rapid Wien | - | Omonia Nikosia | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:30 | R (match retour): 25.08.1998 18:30 | vainqueur: Rapid Wien | ||||
| H (Match allé) | Rangers FC | - | PAOK Saloniki | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | PAOK Saloniki | - | Rangers FC | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.08.1998 20:45 | R (match retour): 25.08.1998 20:15 | vainqueur: Rangers FC | ||||
| H (Match allé) | FC Zürich | - | Shakhtar Donetsk | 4:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Shakhtar Donetsk | - | FC Zürich | 3:2 (1:2) | ||
| H (Match allé): 13.08.1998 19:30 | R (match retour): 25.08.1998 18:00 | vainqueur: FC Zürich | ||||
