H (Match allé) MKT-Araz - FC Tiraspol 1:0 (0:0)
R (match retour) FC Tiraspol - MKT-Araz 2:0 (2:0, 2:0) ap
H (Match allé): 17.06.2006 15:30 R (match retour): 24.06.2006 19:00 vainqueur: FC Tiraspol
H (Match allé) Tampere United - Carmarthen Town 5:0 (3:0)
R (match retour) Carmarthen Town - Tampere United 1:3 (1:2)
H (Match allé): 17.06.2006 16:00 R (match retour): 24.06.2006 15:30 vainqueur: Tampere United
H (Match allé) Shakter Karaganda - MTZ-Ripo 1:5 (0:0)
R (match retour) MTZ-Ripo - Shakter Karaganda 1:3 (0:2)
H (Match allé): 17.06.2006 16:30 R (match retour): 25.06.2006 15:00 vainqueur: MTZ-Ripo
H (Match allé) Ethnikos Achna - FK Partizani 4:2 (2:0)
R (match retour) FK Partizani - Ethnikos Achna 2:1 (1:1)
H (Match allé): 17.06.2006 17:00 R (match retour): 24.06.2006 18:00 vainqueur: Ethnikos Achna
H (Match allé) JK Narva Trans - Kalmar FF 1:6 (1:1)
R (match retour) Kalmar FF - JK Narva Trans 2:0 (2:0)
H (Match allé): 17.06.2006 17:00 R (match retour): 25.06.2006 14:00 vainqueur: Kalmar FF
H (Match allé) Zrinjski Mostar - Marsaxlokk FC 3:0 (3:0)
R (match retour) Marsaxlokk FC - Zrinjski Mostar 1:1 (1:0)
H (Match allé): 17.06.2006 19:00 R (match retour): 25.06.2006 10:00 vainqueur: Zrinjski Mostar
H (Match allé) Keflavík ÍF - Dungannon Swifts 4:1 (1:0)
R (match retour) Dungannon Swifts - Keflavík ÍF 0:0 (0:0)
H (Match allé): 17.06.2006 19:00 R (match retour): 24.06.2006 16:00 vainqueur: Keflavík ÍF
H (Match allé) UE Sant Julià - NK Maribor 0:3 (0:0)
R (match retour) NK Maribor - UE Sant Julià 5:0 (2:0)
H (Match allé): 18.06.2006 12:00 R (match retour): 24.06.2006 19:00 vainqueur: NK Maribor
H (Match allé) FC Kilikia - Dinamo Tbilisi 1:5 (1:2)
R (match retour) Dinamo Tbilisi - FC Kilikia 3:0 (2:0)
H (Match allé): 18.06.2006 16:00 R (match retour): 24.06.2006 17:00 vainqueur: Dinamo Tbilisi
H (Match allé) FC Nitra - CS Grevenmacher 6:2 (3:0)
R (match retour) CS Grevenmacher - FC Nitra 0:6 (0:2)
H (Match allé): 18.06.2006 16:00 R (match retour): 25.06.2006 17:00 vainqueur: FC Nitra
H (Match allé) FC Dinaburg - HB Tórshavn 1:1 (1:0)
R (match retour) HB Tórshavn - FC Dinaburg 0:1 (0:0)
H (Match allé): 18.06.2006 17:00 R (match retour): 24.06.2006 19:00 vainqueur: FC Dinaburg
H (Match allé) FK Vetra - Shelbourne FC 0:1 (0:1)
R (match retour) Shelbourne FC - FK Vetra 4:0 (1:0)
H (Match allé): 18.06.2006 17:00 R (match retour): 24.06.2006 20:00 vainqueur: Shelbourne FC
H (Match allé) FK Pobeda - Farul Constanța 2:2 (0:1)
R (match retour) Farul Constanța - FK Pobeda 2:0 (1:0)
H (Match allé): 18.06.2006 18:00 R (match retour): 25.06.2006 18:00 vainqueur: Farul Constanța