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| H (Match allé) | Djibouti | - | RD Congo | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | RD Congo | - | Djibouti | 9:1 (4:1) | ||
| H (Match allé): 07.04.2000 16:00 | R (match retour): 23.04.2000 15:30 | vainqueur: RD Congo | ||||
| H (Match allé) | Maurétanie | - | Tunisie | 1:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | Tunisie | - | Maurétanie | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 07.04.2000 17:00 | R (match retour): 22.04.2000 17:00 | vainqueur: Tunisie | ||||
| H (Match allé) | Madagascar | - | Gabon | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Gabon | - | Madagascar | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 14:30 | R (match retour): 22.04.2000 16:00 | vainqueur: Madagascar | ||||
| H (Match allé) | Botswana | - | Zambie | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Zambie | - | Botswana | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 15:00 | R (match retour): 22.04.2000 15:00 | vainqueur: Zambie | ||||
| H (Match allé) | Malawi | - | Kenya | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Kenya | - | Malawi | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 15:00 | R (match retour): 22.04.2000 16:00 | vainqueur: Malawi | ||||
| H (Match allé) | São Tomé et Príncipe | - | Sierra Leone | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Sierra Leone | - | São Tomé et Príncipe | 4:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 16:00 | R (match retour): 22.04.2000 16:30 | vainqueur: Sierra Leone | ||||
| H (Match allé) | Tanzanie | - | Ghana | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Ghana | - | Tanzanie | 3:2 (2:1) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 16:00 | R (match retour): 23.04.2000 16:00 | vainqueur: Ghana | ||||
| H (Match allé) | Guinée-Bissau | - | Togo | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Togo | - | Guinée-Bissau | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 16:30 | R (match retour): 23.04.2000 15:30 | vainqueur: Togo | ||||
| H (Match allé) | Seychelles | - | Namibie | 1:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Namibie | - | Seychelles | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 16:30 | R (match retour): 22.04.2000 15:00 | vainqueur: Namibie | ||||
| H (Match allé) | Ouganda | - | Guinée | 4:4 (0:1) | ||
| R (match retour) | Guinée | - | Ouganda | 3:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 08.04.2000 16:30 | R (match retour): 23.04.2000 16:30 | vainqueur: Guinée | ||||
| H (Match allé) | Cap Vert | - | Algérie | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Algérie | - | Cap Vert | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 15:00 | R (match retour): 21.04.2000 16:00 | vainqueur: Algérie | ||||
| H (Match allé) | Lesotho | - | Afrique du Sud | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Afrique du Sud | - | Lesotho | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 15:00 | R (match retour): 22.04.2000 15:00 | vainqueur: Afrique du Sud | ||||
| H (Match allé) | Eswatini | - | Angola | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Angola | - | Eswatini | 7:1 (4:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 15:00 | R (match retour): 23.04.2000 16:00 | vainqueur: Angola | ||||
| H (Match allé) | République Centrafricaine | - | Zimbabwe | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Zimbabwe | - | République Centrafricaine | 3:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 15:00 | R (match retour): 23.04.2000 15:00 | vainqueur: Zimbabwe | ||||
| H (Match allé) | Rwanda | - | Côte d'Ivoire | 2:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Côte d'Ivoire | - | Rwanda | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 15:30 | R (match retour): 23.04.2000 16:00 | vainqueur: Côte d'Ivoire | ||||
| H (Match allé) | Bénin | - | Sénégal | 1:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Sénégal | - | Bénin | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 16:00 | R (match retour): 23.04.2000 16:30 | vainqueur: Sénégal | ||||
| H (Match allé) | Guinée-Équatoriale | - | Congo | 1:3 (1:2) | ||
| R (match retour) | Congo | - | Guinée-Équatoriale | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 16:00 | R (match retour): 23.04.2000 15:30 | vainqueur: Congo | ||||
| H (Match allé) | Érythrée | - | Nigeria | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Nigeria | - | Érythrée | 4:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 16:00 | R (match retour): 22.04.2000 16:00 | vainqueur: Nigeria | ||||
| H (Match allé) | Éthiopie | - | Burkina Faso | 2:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Burkina Faso | - | Éthiopie | 3:0 (3:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 16:00 | R (match retour): 23.04.2000 16:00 | vainqueur: Burkina Faso | ||||
| H (Match allé) | Gambie | - | Maroc | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Maroc | - | Gambie | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 17:00 | R (match retour): 22.04.2000 19:30 | vainqueur: Maroc | ||||
| H (Match allé) | Libye | - | Mali | 3:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Mali | - | Libye | 3:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 18:00 | R (match retour): 23.04.2000 17:30 | vainqueur: Libye | ||||
| H (Match allé) | Tchad | - | Libéria | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Libéria | - | Tchad | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 19:30 | R (match retour): 23.04.2000 16:00 | vainqueur: Libéria | ||||
| H (Match allé) | Soudan | - | Mozambique | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Mozambique | - | Soudan | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 09.04.2000 20:00 | R (match retour): 23.04.2000 15:00 | vainqueur: Soudan | ||||
