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| H (Match allé) | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 3:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 02.04.2013 16:00 | R (match retour): 10.04.2013 18:00 | vainqueur: FK Mladá Boleslav | ||||
| H (Match allé) | FK Baumit Jablonec | - | Viktoria Plzeň | 2:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Viktoria Plzeň | - | FK Baumit Jablonec | 3:4 (0:2) | ||
| H (Match allé): 03.04.2013 16:30 | R (match retour): 10.04.2013 18:00 | vainqueur: FK Baumit Jablonec | ||||
| H (Match allé) | Slovan Liberec | - | FK Teplice | 2:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | FK Teplice | - | Slovan Liberec | 2:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 03.04.2013 18:00 | R (match retour): 16.04.2013 17:30 | vainqueur: Slovan Liberec | ||||
| H (Match allé) | Sigma Olomouc | - | AC Sparta Praha | 2:4 (0:0) | ||
| R (match retour) | AC Sparta Praha | - | Sigma Olomouc | 4:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 03.04.2013 18:00 | R (match retour): 16.04.2013 20:15 | vainqueur: AC Sparta Praha | ||||
