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| H (Match allé) | AO Trikala | - | Asteras Tripolis | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Asteras Tripolis | - | AO Trikala | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 10.01.2017 16:15 | R (match retour): 25.01.2017 16:15 | vainqueur: Asteras Tripolis | ||||
| H (Match allé) | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 4:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 11.01.2017 16:15 | R (match retour): 26.01.2017 18:30 | vainqueur: PAOK Saloniki | ||||
| H (Match allé) | Panathinaikos | - | Kissamikos | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Kissamikos | - | Panathinaikos | 0:4 (0:1) | ||
| H (Match allé): 12.01.2017 18:30 | R (match retour): 01.02.2017 14:00 | vainqueur: Panathinaikos | ||||
| H (Match allé) | Xanthi FC | - | OFI Heraklion | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | OFI Heraklion | - | Xanthi FC | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 24.01.2017 16:15 | R (match retour): 31.01.2017 15:00 | vainqueur: Xanthi FC | ||||
| H (Match allé) | Levadiakos | - | AEK Athen | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | AEK Athen | - | Levadiakos | 6:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 25.01.2017 14:00 | R (match retour): 01.02.2017 18:30 | vainqueur: AEK Athen | ||||
| H (Match allé) | Lamia | - | Atromitos | 2:2 (2:2) | ||
| R (match retour) | Atromitos | - | Lamia | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 25.01.2017 16:15 | R (match retour): 01.02.2017 16:15 | vainqueur: Atromitos | ||||
| H (Match allé) | Aris Saloniki | - | Olympiakos Piraeus | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Olympiakos Piraeus | - | Aris Saloniki | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 25.01.2017 18:30 | R (match retour): 02.02.2017 18:30 | vainqueur: Olympiakos Piraeus | ||||
| H (Match allé) | Platanias Chanion | - | PAS Giannina | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | PAS Giannina | - | Platanias Chanion | 1:2 (0:0, 1:0) ap | ||
| H (Match allé): 26.01.2017 16:15 | R (match retour): 01.02.2017 16:15 | vainqueur: Platanias Chanion | ||||
