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| 07.04.2009 | 16:00 | MFK Košice | - | FC Nitra | 0:0 | |
| 08.04.2009 | 16:30 | MFK Ružomberok | - | MŠK Žilina | 0:1 (0:0) | |
| 17:30 | MFK Dubnica | - | Zlaté Moravce | 1:1 (0:1) | ||
| 17:30 | FK Dukla Banská Bystrica | - | FC Artmedia Petržalka | 0:1 (0:1) | ||
| 18:00 | Slovan Bratislava | - | Spartak Trnava | 1:2 (0:0) | ||
| 18:00 | FC DAC 1904 | - | 1. FC Tatran Prešov | 2:1 (2:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Slovan Bratislava | 19 | 12 | 4 | 3 | 40:14 | 26 | 40 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 19 | 12 | 3 | 4 | 35:12 | 23 | 39 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 19 | 10 | 6 | 3 | 28:19 | 9 | 36 |
| 4 |
|
FC DAC 1904 | 19 | 8 | 6 | 5 | 24:22 | 2 | 30 |
| 5 |
|
MFK Košice | 19 | 7 | 7 | 5 | 27:25 | 2 | 28 |
| 6 |
|
MFK Ružomberok | 19 | 6 | 7 | 6 | 25:21 | 4 | 25 |
| 7 |
|
1. FC Tatran Prešov | 19 | 6 | 5 | 8 | 20:30 | -10 | 23 |
| 8 |
|
FC Artmedia Petržalka | 19 | 5 | 6 | 8 | 24:29 | -5 | 21 |
| 9 |
|
MFK Dubnica | 19 | 5 | 5 | 9 | 24:27 | -3 | 20 |
| 10 |
|
FK Dukla Banská Bystrica | 19 | 5 | 5 | 9 | 15:19 | -4 | 20 |
| 11 |
|
FC Nitra | 19 | 4 | 4 | 11 | 15:34 | -19 | 16 |
| 12 |
|
Zlaté Moravce | 19 | 2 | 6 | 11 | 10:35 | -25 | 12 |
