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| 03.04.2009 | 18:00 | FC Nitra | - | FC DAC 1904 | 3:0 (0:0) | |
| 04.04.2009 | 14:00 | MFK Košice | - | MFK Ružomberok | 2:1 (0:0) | |
| 15:00 | FC Artmedia Petržalka | - | 1. FC Tatran Prešov | 3:0 (2:0) | ||
| 17:00 | Slovan Bratislava | - | FK Dukla Banská Bystrica | 5:0 (2:0) | ||
| 19:30 | MŠK Žilina | - | Zlaté Moravce | 2:1 (0:0) | ||
| 05.04.2009 | 14:00 | Spartak Trnava | - | MFK Dubnica | 0:2 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Slovan Bratislava | 23 | 15 | 5 | 3 | 49:15 | 34 | 50 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 23 | 15 | 3 | 5 | 43:16 | 27 | 48 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 23 | 12 | 6 | 5 | 32:23 | 9 | 42 |
| 4 |
|
MFK Košice | 23 | 9 | 8 | 6 | 32:29 | 3 | 35 |
| 5 |
|
FC Artmedia Petržalka | 23 | 9 | 6 | 8 | 39:29 | 10 | 33 |
| 6 |
|
FC DAC 1904 | 23 | 8 | 7 | 8 | 26:35 | -9 | 31 |
| 7 |
|
MFK Ružomberok | 23 | 7 | 7 | 9 | 28:27 | 1 | 28 |
| 8 |
|
MFK Dubnica | 23 | 7 | 5 | 11 | 29:32 | -3 | 26 |
| 9 |
|
FC Nitra | 23 | 7 | 4 | 12 | 23:38 | -15 | 25 |
| 10 |
|
1. FC Tatran Prešov | 23 | 6 | 6 | 11 | 23:38 | -15 | 24 |
| 11 |
|
FK Dukla Banská Bystrica | 23 | 6 | 5 | 12 | 17:28 | -11 | 23 |
| 12 |
|
Zlaté Moravce | 23 | 2 | 8 | 13 | 13:44 | -31 | 14 |
