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| 02.05.2009 | 14:00 | Slovan Bratislava | - | FC Artmedia Petržalka | 2:0 (1:0) | |
| 16:00 | FK Dukla Banská Bystrica | - | MFK Dubnica | 3:0 (2:0) | ||
| 18:00 | MFK Ružomberok | - | FC DAC 1904 | 0:0 | ||
| 18:30 | MFK Košice | - | Zlaté Moravce | 2:0 (1:0) | ||
| 19:00 | FC Nitra | - | 1. FC Tatran Prešov | 0:0 | ||
| 03.05.2009 | 17:15 | Spartak Trnava | - | MŠK Žilina | 1:1 (1:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Slovan Bratislava | 27 | 19 | 5 | 3 | 61:15 | 46 | 62 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 27 | 16 | 6 | 5 | 48:19 | 29 | 54 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 27 | 14 | 8 | 5 | 40:26 | 14 | 50 |
| 4 |
|
MFK Košice | 27 | 11 | 9 | 7 | 37:32 | 5 | 42 |
| 5 |
|
FC Artmedia Petržalka | 27 | 9 | 9 | 9 | 40:32 | 8 | 36 |
| 6 |
|
FC DAC 1904 | 27 | 9 | 8 | 10 | 29:46 | -17 | 35 |
| 7 |
|
MFK Ružomberok | 27 | 8 | 10 | 9 | 32:30 | 2 | 34 |
| 8 |
|
1. FC Tatran Prešov | 27 | 7 | 9 | 11 | 29:43 | -14 | 30 |
| 9 |
|
MFK Dubnica | 27 | 7 | 6 | 14 | 31:39 | -8 | 27 |
| 10 |
|
FK Dukla Banská Bystrica | 27 | 7 | 6 | 14 | 21:31 | -10 | 27 |
| 11 |
|
FC Nitra | 27 | 7 | 6 | 14 | 24:42 | -18 | 27 |
| 12 |
|
Zlaté Moravce | 27 | 3 | 8 | 16 | 15:52 | -37 | 17 |
