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| H (Match allé) | Kampala City Council FC | - | Al Merrikh SC | 0:1 | ||
| R (match retour) | Al Merrikh SC | - | Kampala City Council FC | 1:1 | ||
| H (Match allé): 17.04.2009 15:00 | R (match retour): 02.05.2009 19:00 | vainqueur: Al Merrikh SC | ||||
| H (Match allé) | Kano Pillars | - | Al Ahly SC | 1:1 | ||
| R (match retour) | Al Ahly SC | - | Kano Pillars | 2:2 | ||
| H (Match allé): 18.04.2009 17:00 | R (match retour): 02.05.2009 19:30 | vainqueur: Kano Pillars | ||||
| H (Match allé) | Djoliba AC | - | ZESCO United | 0:0 | ||
| R (match retour) | ZESCO United | - | Djoliba AC | 2:1 | ||
| H (Match allé): 18.04.2009 17:00 | R (match retour): 02.05.2009 15:00 | vainqueur: ZESCO United | ||||
| H (Match allé) | Al Ahly Tripolis | - | Étoile du Sahel | 0:0 | ||
| R (match retour) | Étoile du Sahel | - | Al Ahly Tripolis | 2:0 | ||
| H (Match allé): 18.04.2009 19:00 | R (match retour): 02.05.2009 18:00 | vainqueur: Étoile du Sahel | ||||
| H (Match allé) | TP Mazembe | - | Ittihad Khémisset | 1:0 | ||
| R (match retour) | Ittihad Khémisset | - | TP Mazembe | 0:0 | ||
| H (Match allé): 19.04.2009 15:30 | R (match retour): 02.05.2009 18:00 | vainqueur: TP Mazembe | ||||
| H (Match allé) | CD 1º de Agosto | - | Al Hilal Omdurman | 3:1 | ||
| R (match retour) | Al Hilal Omdurman | - | CD 1º de Agosto | 2:0 | ||
| H (Match allé): 19.04.2009 17:00 | R (match retour): 03.05.2009 19:00 | vainqueur: Al Hilal Omdurman | ||||
| H (Match allé) | Heartland FC | - | Coton Sport Garoua | 2:1 | ||
| R (match retour) | Coton Sport Garoua | - | Heartland FC | 1:1 | ||
| H (Match allé): 19.04.2009 17:00 | R (match retour): 02.05.2009 16:30 | vainqueur: Heartland FC | ||||
| H (Match allé) | ASEC Mimosas | - | Monomotapa United | 1:0 | ||
| R (match retour) | Monomotapa United | - | ASEC Mimosas | 2:0 | ||
| H (Match allé): 19.04.2009 18:00 | R (match retour): 03.05.2009 15:00 | vainqueur: Monomotapa United | ||||
