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| 06.08.2006 | 13:00 | FC Levadia | - | Tulevik Viljandi | 3:0 | |
| 16:00 | FC Flora | - | FC TVMK | 1:1 | ||
| 16:00 | JK Maag Tartu | - | JK Tammeka (old) | 1:1 | ||
| 16:00 | Pärnu JK Vaprus | - | Ajax Lasnamäe | 0:0 | ||
| 18:00 | Warrior Valga | - | JK Narva Trans | 0:3 |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 22 | 20 | 2 | 0 | 66:12 | 54 | 62 |
| 2 |
|
JK Narva Trans | 22 | 14 | 6 | 2 | 63:24 | 39 | 48 |
| 3 |
|
FC Flora | 22 | 14 | 3 | 5 | 49:21 | 28 | 45 |
| 4 |
|
FC TVMK | 22 | 13 | 3 | 6 | 53:21 | 32 | 42 |
| 5 |
|
JK Tammeka (old) | 22 | 8 | 5 | 9 | 27:33 | -6 | 29 |
| 6 |
|
JK Maag Tartu | 22 | 7 | 6 | 9 | 34:40 | -6 | 27 |
| 7 |
|
Pärnu JK Vaprus | 22 | 7 | 3 | 12 | 30:48 | -18 | 24 |
| 8 |
|
Ajax Lasnamäe | 22 | 4 | 3 | 15 | 22:61 | -39 | 15 |
| 9 |
|
Tulevik Viljandi | 22 | 3 | 4 | 15 | 16:43 | -27 | 13 |
| 10 |
|
Warrior Valga | 22 | 2 | 1 | 19 | 9:66 | -57 | 7 |
