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| 24.09.2006 | 13:00 | FC Flora | - | Ajax Lasnamäe | 6:0 | |
| 16:00 | Warrior Valga | - | FC Levadia | 0:1 | ||
| 16:00 | JK Maag Tartu | - | Pärnu JK Vaprus | 4:3 | ||
| 16:00 | JK Narva Trans | - | Tulevik Viljandi | 3:0 | ||
| 16:00 | FC TVMK | - | JK Tammeka (old) | 2:1 |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 30 | 25 | 3 | 2 | 91:22 | 69 | 78 |
| 2 |
|
JK Narva Trans | 30 | 21 | 7 | 2 | 86:27 | 59 | 70 |
| 3 |
|
FC Flora | 30 | 21 | 4 | 5 | 71:25 | 46 | 67 |
| 4 |
|
FC TVMK | 30 | 19 | 5 | 6 | 71:28 | 43 | 62 |
| 5 |
|
JK Maag Tartu | 30 | 12 | 7 | 11 | 55:52 | 3 | 43 |
| 6 |
|
JK Tammeka (old) | 30 | 12 | 5 | 13 | 40:43 | -3 | 41 |
| 7 |
|
Pärnu JK Vaprus | 30 | 8 | 3 | 19 | 42:75 | -33 | 27 |
| 8 |
|
Ajax Lasnamäe | 30 | 4 | 5 | 21 | 26:89 | -63 | 17 |
| 9 |
|
Tulevik Viljandi | 30 | 3 | 4 | 23 | 20:62 | -42 | 13 |
| 10 |
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Warrior Valga | 30 | 3 | 1 | 26 | 14:93 | -79 | 10 |
