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| 25.07.2009 | 16:00 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 (0:0) | |
| 16:00 | FC Kuressaare | - | Tulevik Viljandi | 0:4 (0:3) | ||
| 18:30 | Paide Linnameeskond | - | JK Tammeka | 2:1 (1:0) | ||
| 01.09.2009 | 17:00 | FC Levadia | - | JK Sillamäe Kalev | 6:1 (2:1) | |
| 20.10.2009 | 17:45 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 4:1 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 21 | 18 | 3 | 0 | 75:14 | 61 | 57 |
| 2 |
|
JK Sillamäe Kalev | 21 | 15 | 2 | 4 | 53:22 | 31 | 47 |
| 3 |
|
FC Flora | 21 | 14 | 3 | 4 | 44:17 | 27 | 45 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 21 | 11 | 4 | 6 | 42:22 | 20 | 37 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 20 | 10 | 3 | 7 | 41:22 | 19 | 33 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 21 | 9 | 4 | 8 | 26:27 | -1 | 31 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 20 | 4 | 3 | 13 | 9:44 | -35 | 15 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 21 | 4 | 2 | 15 | 9:57 | -48 | 14 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 21 | 2 | 4 | 15 | 16:45 | -29 | 10 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 21 | 2 | 2 | 17 | 15:60 | -45 | 8 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relégation | |
| Relégation |
