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| 02.05.2009 | 16:00 | JK Narva Trans | - | JK Sillamäe Kalev | 1:2 (1:2) | |
| 16:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Levadia | 0:3 (0:1) | ||
| 16:00 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:1 (0:1) | ||
| 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | Tulevik Viljandi | 0:1 (0:0) | ||
| 18:30 | FC Kuressaare | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 (1:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 9 | 9 | 0 | 0 | 35:4 | 31 | 27 |
| 2 |
|
JK Sillamäe Kalev | 9 | 7 | 0 | 2 | 28:9 | 19 | 21 |
| 3 |
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FC Flora | 9 | 5 | 1 | 3 | 14:10 | 4 | 16 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 9 | 5 | 1 | 3 | 22:10 | 12 | 16 |
| 5 |
|
Tulevik Viljandi | 9 | 4 | 3 | 2 | 12:13 | -1 | 15 |
| 6 |
|
JK Nõmme Kalju | 9 | 4 | 1 | 4 | 12:13 | -1 | 13 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 9 | 2 | 2 | 5 | 4:16 | -12 | 8 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 9 | 2 | 1 | 6 | 4:21 | -17 | 7 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 9 | 1 | 1 | 7 | 8:16 | -8 | 4 |
| 10 |
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JK Tammeka | 9 | 1 | 0 | 8 | 6:33 | -27 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relégation | |
| Relégation |
