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| 18.09.2012 | 16:30 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Tammeka | 3:1 (1:1) | |
| 16:30 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 0:6 (0:3) | ||
| 16:30 | JK Nõmme Kalju | - | FC Kuressaare | 6:1 (1:1) | ||
| 16:30 | Paide Linnameeskond | - | JK Tallinna Kalev | 0:0 (0:0) | ||
| 17:45 | FC Flora | - | FC Viljandi | 5:0 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 29 | 25 | 3 | 1 | 84:10 | 74 | 78 |
| 2 |
|
FC Levadia | 29 | 19 | 8 | 2 | 71:16 | 55 | 65 |
| 3 |
|
FC Flora | 29 | 21 | 2 | 6 | 69:19 | 50 | 65 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 29 | 11 | 9 | 9 | 36:35 | 1 | 42 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 29 | 12 | 5 | 12 | 35:35 | 0 | 41 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 29 | 9 | 7 | 13 | 25:38 | -13 | 34 |
| 7 |
|
FC Viljandi | 29 | 6 | 7 | 16 | 26:58 | -32 | 25 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 29 | 4 | 9 | 16 | 22:67 | -45 | 21 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 29 | 4 | 8 | 17 | 22:66 | -44 | 20 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 29 | 2 | 6 | 21 | 18:64 | -46 | 12 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
