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| 10.04.2012 | 17:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 0:2 (0:1) | |
| 17:45 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:0 (0:0) | ||
| 17:45 | JK Tammeka | - | JK Tallinna Kalev | 2:1 (1:1) | ||
| 17:45 | FC Levadia | - | FC Kuressaare | 5:0 (0:0) | ||
| 31.07.2012 | 17:45 | JK Narva Trans | - | FC Viljandi | 3:1 (2:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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JK Nõmme Kalju | 7 | 6 | 1 | 0 | 17:3 | 14 | 19 |
| 2 |
|
FC Flora | 7 | 5 | 1 | 1 | 13:2 | 11 | 16 |
| 3 |
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FC Levadia | 7 | 4 | 3 | 0 | 14:1 | 13 | 15 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 7 | 3 | 1 | 3 | 9:11 | -2 | 10 |
| 5 |
|
FC Kuressaare | 7 | 2 | 2 | 3 | 7:12 | -5 | 8 |
| 6 |
|
JK Sillamäe Kalev | 7 | 1 | 4 | 2 | 7:8 | -1 | 7 |
| 7 |
|
JK Tallinna Kalev | 7 | 2 | 1 | 4 | 6:13 | -7 | 7 |
| 8 |
|
FC Viljandi | 7 | 2 | 0 | 5 | 6:16 | -10 | 6 |
| 9 |
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JK Tammeka | 7 | 1 | 2 | 4 | 5:12 | -7 | 5 |
| 10 |
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Paide Linnameeskond | 7 | 1 | 1 | 5 | 4:10 | -6 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
