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| 14.05.2013 | 18:30 | JK Nõmme Kalju | - | FC Infonet | 2:0 (1:0) | |
| 18:30 | JK Tammeka | - | FC Flora | 1:4 (1:2) | ||
| 18:30 | JK Tallinna Kalev | - | JK Sillamäe Kalev | 1:0 (1:0) | ||
| 18:30 | JK Narva Trans | - | FC Kuressaare | 2:0 (1:0) | ||
| 15.05.2013 | 18:30 | FC Levadia | - | Paide Linnameeskond | 1:0 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 11 | 9 | 1 | 1 | 24:6 | 18 | 28 |
| 2 |
|
FC Levadia | 11 | 9 | 1 | 1 | 20:7 | 13 | 28 |
| 3 |
|
FC Flora | 11 | 8 | 1 | 2 | 29:10 | 19 | 25 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 11 | 5 | 3 | 3 | 15:9 | 6 | 18 |
| 5 |
|
Paide Linnameeskond | 11 | 6 | 0 | 5 | 16:17 | -1 | 18 |
| 6 |
|
JK Tallinna Kalev | 11 | 3 | 2 | 6 | 7:16 | -9 | 11 |
| 7 |
|
FC Infonet | 11 | 2 | 4 | 5 | 6:16 | -10 | 10 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 11 | 2 | 2 | 7 | 7:18 | -11 | 8 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 11 | 1 | 2 | 8 | 6:17 | -11 | 5 |
| 10 |
|
JK Narva Trans | 11 | 1 | 2 | 8 | 6:20 | -14 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
