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| 10.05.2016 | 17:00 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 1:0 (1:0) | |
| 18:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Infonet | 1:4 (1:2) | ||
| 19:00 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 (0:0) | ||
| 09.06.2016 | 17:00 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Tammeka | 0:1 (0:0) | |
| 19:00 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Sillamäe Kalev | 0:2 (0:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 15 | 11 | 3 | 1 | 32:11 | 21 | 36 |
| 2 |
|
FC Levadia | 15 | 10 | 4 | 1 | 24:8 | 16 | 34 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 15 | 9 | 4 | 2 | 27:7 | 20 | 31 |
| 4 |
|
FC Flora | 15 | 7 | 7 | 1 | 28:7 | 21 | 28 |
| 5 |
|
JK Tammeka | 15 | 6 | 4 | 5 | 18:20 | -2 | 22 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 15 | 5 | 4 | 6 | 23:19 | 4 | 19 |
| 7 |
|
JK Sillamäe Kalev | 15 | 4 | 6 | 5 | 19:21 | -2 | 18 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 15 | 3 | 5 | 7 | 19:29 | -10 | 14 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 15 | 1 | 0 | 14 | 5:37 | -32 | 3 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 15 | 0 | 1 | 14 | 7:43 | -36 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
