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| 03.05.2013 | 17:00 | FK Kruoja Pakruojis | - | FK Tauras Tauragė | 2:3 | |
| 04.05.2013 | 13:00 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 2:2 | |
| 17:00 | FK Šiauliai | - | FK Banga Gargždai | 1:4 | ||
| 05.05.2013 | 18:00 | FK Ekranas | - | FK Dainava Alytus | 2:1 |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FK Atlantas | 9 | 7 | 1 | 1 | 18:8 | 10 | 22 |
| 2 |
|
VMFD Žalgiris | 8 | 6 | 1 | 1 | 17:4 | 13 | 19 |
| 3 |
|
FK Ekranas | 9 | 6 | 1 | 2 | 22:12 | 10 | 19 |
| 4 |
|
FK Kruoja Pakruojis | 9 | 4 | 2 | 3 | 14:13 | 1 | 14 |
| 5 |
|
FK Sūduva | 9 | 3 | 3 | 3 | 16:13 | 3 | 12 |
| 6 |
|
FK Šiauliai | 9 | 3 | 3 | 3 | 13:15 | -2 | 12 |
| 7 |
|
FK Banga Gargždai | 9 | 2 | 1 | 6 | 10:18 | -8 | 7 |
| 8 |
|
FK Tauras Tauragė | 9 | 1 | 1 | 7 | 8:20 | -12 | 4 |
| 9 |
|
FK Dainava Alytus | 9 | 1 | 1 | 7 | 7:22 | -15 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. |
