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| 10.09.2006 | 13:00 | FC TVMK | - | Tulevik Viljandi | 3:1 | |
| 16:00 | Warrior Valga | - | JK Tammeka (old) | 0:2 | ||
| 16:00 | JK Narva Trans | - | Ajax Lasnamäe | 2:0 | ||
| 16:00 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 | ||
| 16:00 | JK Maag Tartu | - | FC Levadia | 4:2 |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 26 | 23 | 2 | 1 | 86:18 | 68 | 71 |
| 2 |
|
JK Narva Trans | 26 | 17 | 7 | 2 | 70:26 | 44 | 58 |
| 3 |
|
FC Flora | 26 | 18 | 3 | 5 | 58:22 | 36 | 57 |
| 4 |
|
FC TVMK | 26 | 16 | 4 | 6 | 62:24 | 38 | 52 |
| 5 |
|
JK Maag Tartu | 26 | 10 | 7 | 9 | 46:45 | 1 | 37 |
| 6 |
|
JK Tammeka (old) | 26 | 9 | 5 | 12 | 31:40 | -9 | 32 |
| 7 |
|
Pärnu JK Vaprus | 26 | 8 | 3 | 15 | 37:59 | -22 | 27 |
| 8 |
|
Ajax Lasnamäe | 26 | 4 | 4 | 18 | 24:75 | -51 | 16 |
| 9 |
|
Tulevik Viljandi | 26 | 3 | 4 | 19 | 18:52 | -34 | 13 |
| 10 |
|
Warrior Valga | 26 | 2 | 1 | 23 | 12:83 | -71 | 7 |
