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| 13.09.2006 | 17:00 | JK Maag Tartu | - | Warrior Valga | 4:1 | |
| 17:00 | Pärnu JK Vaprus | - | JK Narva Trans | 0:3 | ||
| 17:00 | Ajax Lasnamäe | - | FC TVMK | 2:2 | ||
| 17:00 | Tulevik Viljandi | - | JK Tammeka (old) | 1:2 | ||
| 18.10.2006 | 15:00 | FC Levadia | - | FC Flora | 2:2 |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 27 | 23 | 3 | 1 | 88:20 | 68 | 72 |
| 2 |
|
JK Narva Trans | 27 | 18 | 7 | 2 | 73:26 | 47 | 61 |
| 3 |
|
FC Flora | 27 | 18 | 4 | 5 | 60:24 | 36 | 58 |
| 4 |
|
FC TVMK | 27 | 16 | 5 | 6 | 64:26 | 38 | 53 |
| 5 |
|
JK Maag Tartu | 27 | 11 | 7 | 9 | 50:46 | 4 | 40 |
| 6 |
|
JK Tammeka (old) | 27 | 10 | 5 | 12 | 33:41 | -8 | 35 |
| 7 |
|
Pärnu JK Vaprus | 27 | 8 | 3 | 16 | 37:62 | -25 | 27 |
| 8 |
|
Ajax Lasnamäe | 27 | 4 | 5 | 18 | 26:77 | -51 | 17 |
| 9 |
|
Tulevik Viljandi | 27 | 3 | 4 | 20 | 19:54 | -35 | 13 |
| 10 |
|
Warrior Valga | 27 | 2 | 1 | 24 | 13:87 | -74 | 7 |
