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| 17.09.2006 | 13:15 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:0 | |
| 16:00 | FC TVMK | - | Ajax Lasnamäe | 1:0 | ||
| 16:00 | Warrior Valga | - | JK Maag Tartu | 1:0 | ||
| 16:00 | JK Narva Trans | - | Pärnu JK Vaprus | 5:1 | ||
| 16:00 | JK Tammeka (old) | - | Tulevik Viljandi | 1:0 |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 28 | 23 | 3 | 2 | 88:21 | 67 | 72 |
| 2 |
|
JK Narva Trans | 28 | 19 | 7 | 2 | 78:27 | 51 | 64 |
| 3 |
|
FC Flora | 28 | 19 | 4 | 5 | 61:24 | 37 | 61 |
| 4 |
|
FC TVMK | 28 | 17 | 5 | 6 | 65:26 | 39 | 56 |
| 5 |
|
JK Maag Tartu | 28 | 11 | 7 | 10 | 50:47 | 3 | 40 |
| 6 |
|
JK Tammeka (old) | 28 | 11 | 5 | 12 | 34:41 | -7 | 38 |
| 7 |
|
Pärnu JK Vaprus | 28 | 8 | 3 | 17 | 38:67 | -29 | 27 |
| 8 |
|
Ajax Lasnamäe | 28 | 4 | 5 | 19 | 26:78 | -52 | 17 |
| 9 |
|
Tulevik Viljandi | 28 | 3 | 4 | 21 | 19:55 | -36 | 13 |
| 10 |
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Warrior Valga | 28 | 3 | 1 | 24 | 14:87 | -73 | 10 |
