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| 30.06.2012 | 16:00 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:0 (2:0) | |
| 18:30 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 (1:0) | ||
| 18:30 | JK Tammeka | - | JK Narva Trans | 2:3 (2:1) | ||
| 14.08.2012 | 17:45 | FC Viljandi | - | JK Tallinna Kalev | 1:1 (1:1) | |
| 08.09.2012 | 16:00 | FC Kuressaare | - | Paide Linnameeskond | 0:1 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 18 | 15 | 2 | 1 | 45:6 | 39 | 47 |
| 2 |
|
FC Flora | 18 | 14 | 1 | 3 | 41:8 | 33 | 43 |
| 3 |
|
FC Levadia | 18 | 12 | 6 | 0 | 32:6 | 26 | 42 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 18 | 6 | 7 | 5 | 20:20 | 0 | 25 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 18 | 7 | 3 | 8 | 23:24 | -1 | 24 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 18 | 6 | 3 | 9 | 14:24 | -10 | 21 |
| 7 |
|
JK Tallinna Kalev | 18 | 4 | 4 | 10 | 16:38 | -22 | 16 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 18 | 2 | 7 | 9 | 13:28 | -15 | 13 |
| 9 |
|
FC Viljandi | 18 | 3 | 3 | 12 | 11:37 | -26 | 12 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 18 | 1 | 4 | 13 | 9:33 | -24 | 7 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
