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| 14.07.2012 | 16:00 | FC Kuressaare | - | JK Tallinna Kalev | 2:1 (1:1) | |
| 18:30 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Viljandi | 2:2 (0:0) | ||
| 18:30 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 1:4 (0:1) | ||
| 07.08.2012 | 17:45 | FC Levadia | - | Paide Linnameeskond | 4:0 (1:0) | |
| 09.10.2012 | 17:45 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 0:1 (0:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 19 | 16 | 2 | 1 | 49:7 | 42 | 50 |
| 2 |
|
FC Levadia | 19 | 13 | 6 | 0 | 36:6 | 30 | 45 |
| 3 |
|
FC Flora | 19 | 14 | 1 | 4 | 41:9 | 32 | 43 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 19 | 8 | 3 | 8 | 24:24 | 0 | 27 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 19 | 6 | 8 | 5 | 22:22 | 0 | 26 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 19 | 6 | 3 | 10 | 14:28 | -14 | 21 |
| 7 |
|
JK Tallinna Kalev | 19 | 4 | 4 | 11 | 17:40 | -23 | 16 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 19 | 3 | 7 | 9 | 15:29 | -14 | 16 |
| 9 |
|
FC Viljandi | 19 | 3 | 4 | 12 | 13:39 | -26 | 13 |
| 10 |
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JK Tammeka | 19 | 1 | 4 | 14 | 10:37 | -27 | 7 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
