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| 18.08.2012 | 16:00 | FC Kuressaare | - | JK Sillamäe Kalev | 1:2 (0:1) | |
| 16:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 0:2 (0:0) | ||
| 18:00 | FC Viljandi | - | JK Tammeka | 0:0 (0:0) | ||
| 20.08.2012 | 13:00 | JK Tallinna Kalev | - | JK Narva Trans | 0:1 (0:0) | |
| 16:00 | FC Levadia | - | FC Flora | 5:4 (2:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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JK Nõmme Kalju | 24 | 21 | 2 | 1 | 59:7 | 52 | 65 |
| 2 |
|
FC Levadia | 24 | 18 | 6 | 0 | 62:10 | 52 | 60 |
| 3 |
|
FC Flora | 24 | 16 | 2 | 6 | 51:17 | 34 | 50 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 24 | 9 | 8 | 7 | 28:27 | 1 | 35 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 24 | 9 | 5 | 10 | 26:27 | -1 | 32 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 24 | 8 | 4 | 12 | 20:34 | -14 | 28 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 24 | 4 | 7 | 13 | 19:48 | -29 | 19 |
| 8 |
|
FC Viljandi | 24 | 4 | 6 | 14 | 20:48 | -28 | 18 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 24 | 4 | 6 | 14 | 19:52 | -33 | 18 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 24 | 1 | 6 | 17 | 14:48 | -34 | 9 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
