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| 25.08.2012 | 13:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Viljandi | 0:2 (0:1) | |
| 16:00 | JK Narva Trans | - | FC Kuressaare | 2:0 (1:0) | ||
| 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 1:1 (0:0) | ||
| 16:00 | FC Flora | - | JK Tammeka | 5:1 (2:0) | ||
| 04.09.2012 | 17:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tallinna Kalev | 7:0 (2:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 25 | 22 | 2 | 1 | 66:7 | 59 | 68 |
| 2 |
|
FC Levadia | 25 | 18 | 7 | 0 | 63:11 | 52 | 61 |
| 3 |
|
FC Flora | 25 | 17 | 2 | 6 | 56:18 | 38 | 53 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 25 | 9 | 9 | 7 | 29:28 | 1 | 36 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 25 | 10 | 5 | 10 | 28:27 | 1 | 35 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 25 | 8 | 4 | 13 | 20:36 | -16 | 28 |
| 7 |
|
FC Viljandi | 25 | 5 | 6 | 14 | 22:48 | -26 | 21 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 25 | 4 | 7 | 14 | 19:50 | -31 | 19 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 25 | 4 | 6 | 15 | 19:59 | -40 | 18 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 25 | 1 | 6 | 18 | 15:53 | -38 | 9 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
