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| 29.09.2012 | 13:00 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:2 (1:2) | |
| 16:00 | JK Tammeka | - | FC Viljandi | 4:0 (0:0) | ||
| 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Kuressaare | 2:1 (1:0) | ||
| 16:00 | JK Narva Trans | - | JK Tallinna Kalev | 1:1 (1:1) | ||
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 1:1 (0:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 31 | 26 | 4 | 1 | 88:12 | 76 | 82 |
| 2 |
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FC Levadia | 31 | 20 | 8 | 3 | 73:19 | 54 | 68 |
| 3 |
|
FC Flora | 31 | 22 | 2 | 7 | 73:21 | 52 | 68 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 31 | 13 | 9 | 9 | 40:36 | 4 | 48 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 31 | 13 | 6 | 12 | 39:36 | 3 | 45 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 31 | 10 | 8 | 13 | 28:39 | -11 | 38 |
| 7 |
|
FC Viljandi | 31 | 6 | 7 | 18 | 26:64 | -38 | 25 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 31 | 4 | 9 | 18 | 24:70 | -46 | 21 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 31 | 4 | 9 | 18 | 23:72 | -49 | 21 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 31 | 3 | 6 | 22 | 22:67 | -45 | 15 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
