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| 02.10.2012 | 15:45 | FC Viljandi | - | JK Nõmme Kalju | 1:9 (1:2) | |
| 15:45 | Paide Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 2:3 (1:0) | ||
| 15:45 | JK Tallinna Kalev | - | JK Sillamäe Kalev | 0:3 (0:2) | ||
| 15:45 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 0:2 (0:2) | ||
| 17:45 | FC Levadia | - | JK Tammeka | 3:0 (1:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 32 | 27 | 4 | 1 | 97:13 | 84 | 85 |
| 2 |
|
FC Levadia | 32 | 21 | 8 | 3 | 76:19 | 57 | 71 |
| 3 |
|
FC Flora | 32 | 23 | 2 | 7 | 75:21 | 54 | 71 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 32 | 14 | 9 | 9 | 43:36 | 7 | 51 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 32 | 14 | 6 | 12 | 42:38 | 4 | 48 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 32 | 10 | 8 | 14 | 30:42 | -12 | 38 |
| 7 |
|
FC Viljandi | 32 | 6 | 7 | 19 | 27:73 | -46 | 25 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 32 | 4 | 9 | 19 | 24:73 | -49 | 21 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 32 | 4 | 9 | 19 | 23:74 | -51 | 21 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 32 | 3 | 6 | 23 | 22:70 | -48 | 15 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
