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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | 1. Mi-temps | » 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Augsburg | 24 | 14 | 7 | 3 | 25:10 | 15 | 49 |
| 2 |
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Hertha BSC | 24 | 12 | 5 | 7 | 27:13 | 14 | 41 |
| 3 |
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MSV Duisburg | 24 | 11 | 7 | 6 | 23:12 | 11 | 40 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 24 | 11 | 6 | 7 | 28:18 | 10 | 39 |
| 5 |
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SpVgg Greuther Fürth | 24 | 11 | 6 | 7 | 20:13 | 7 | 39 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 24 | 10 | 6 | 8 | 19:20 | -1 | 36 |
| 7 |
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VfL Bochum | 24 | 9 | 8 | 7 | 16:14 | 2 | 35 |
| 8 |
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VfL Osnabrück | 24 | 10 | 4 | 10 | 21:23 | -2 | 34 |
| 9 |
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Alemannia Aachen | 24 | 7 | 12 | 5 | 23:20 | 3 | 33 |
| 10 |
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TSV 1860 München | 24 | 7 | 11 | 6 | 16:15 | 1 | 32 |
| 11 |
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Fortuna Düsseldorf | 24 | 8 | 7 | 9 | 17:19 | -2 | 31 |
| 12 |
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1. FC Union Berlin | 24 | 8 | 6 | 10 | 17:19 | -2 | 30 |
| 13 |
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FSV Frankfurt | 24 | 7 | 7 | 10 | 21:23 | -2 | 28 |
| 14 |
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SC Paderborn 07 | 24 | 7 | 6 | 11 | 17:22 | -5 | 27 |
| 15 |
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Rot-Weiß Oberhausen | 24 | 7 | 5 | 12 | 11:25 | -14 | 26 |
| 16 |
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Arminia Bielefeld | 24 | 5 | 9 | 10 | 14:21 | -7 | 24 |
| 17 |
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Karlsruher SC | 24 | 4 | 9 | 11 | 16:33 | -17 | 21 |
| 18 |
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FC Ingolstadt 04 | 24 | 4 | 7 | 13 | 15:26 | -11 | 19 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation | |
| Relégation |
