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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | 1. Mi-temps | » 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Fortuna Düsseldorf | 20 | 12 | 5 | 3 | 27:11 | 16 | 41 |
| 2 |
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SpVgg Greuther Fürth | 20 | 13 | 2 | 5 | 26:12 | 14 | 41 |
| 3 |
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FC St. Pauli | 20 | 13 | 1 | 6 | 24:14 | 10 | 40 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 20 | 11 | 5 | 4 | 20:11 | 9 | 38 |
| 5 |
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Eintracht Frankfurt | 20 | 10 | 7 | 3 | 24:11 | 13 | 37 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 20 | 9 | 6 | 5 | 23:15 | 8 | 33 |
| 7 |
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MSV Duisburg | 20 | 7 | 7 | 6 | 15:14 | 1 | 28 |
| 8 |
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Eintracht Braunschweig | 20 | 6 | 9 | 5 | 11:11 | 0 | 27 |
| 9 |
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1. FC Union Berlin | 20 | 7 | 5 | 8 | 17:19 | -2 | 26 |
| 10 |
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Dynamo Dresden | 20 | 6 | 6 | 8 | 19:24 | -5 | 24 |
| 11 |
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Erzgebirge Aue | 20 | 5 | 7 | 8 | 12:16 | -4 | 22 |
| 12 |
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FSV Frankfurt | 20 | 5 | 7 | 8 | 13:21 | -8 | 22 |
| 13 |
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Energie Cottbus | 20 | 5 | 6 | 9 | 13:16 | -3 | 21 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 | 20 | 4 | 7 | 9 | 11:24 | -13 | 19 |
| 15 |
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VfL Bochum | 20 | 3 | 9 | 8 | 12:18 | -6 | 18 |
| 16 |
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Karlsruher SC | 20 | 5 | 3 | 12 | 10:19 | -9 | 18 |
| 17 |
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Alemannia Aachen | 20 | 2 | 10 | 8 | 8:17 | -9 | 16 |
| 18 |
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Hansa Rostock | 20 | 2 | 8 | 10 | 10:22 | -12 | 14 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation | |
| Relégation |
