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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | » 1. Mi-temps | 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Greuther Fürth | 30 | 18 | 9 | 3 | 27:8 | 19 | 63 |
| 2 |
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Eintracht Frankfurt | 30 | 16 | 8 | 6 | 32:12 | 20 | 56 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 30 | 13 | 10 | 7 | 21:18 | 3 | 49 |
| 4 |
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FC St. Pauli | 30 | 12 | 12 | 6 | 22:14 | 8 | 48 |
| 5 |
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TSV 1860 München | 30 | 12 | 9 | 9 | 23:19 | 4 | 45 |
| 6 |
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Eintracht Braunschweig | 30 | 11 | 11 | 8 | 21:16 | 5 | 44 |
| 7 |
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Dynamo Dresden | 30 | 9 | 15 | 6 | 20:17 | 3 | 42 |
| 8 |
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SC Paderborn 07 | 30 | 9 | 14 | 7 | 17:15 | 2 | 41 |
| 9 |
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Fortuna Düsseldorf | 30 | 9 | 13 | 8 | 21:15 | 6 | 40 |
| 10 |
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Alemannia Aachen | 30 | 8 | 15 | 7 | 17:15 | 2 | 39 |
| 11 |
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VfL Bochum | 30 | 8 | 13 | 9 | 19:22 | -3 | 37 |
| 12 |
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Energie Cottbus | 30 | 8 | 12 | 10 | 10:18 | -8 | 36 |
| 13 |
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FSV Frankfurt | 30 | 8 | 11 | 11 | 19:26 | -7 | 35 |
| 14 |
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MSV Duisburg | 30 | 5 | 15 | 10 | 15:19 | -4 | 30 |
| 15 |
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FC Ingolstadt 04 | 30 | 5 | 14 | 11 | 14:21 | -7 | 29 |
| 16 |
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Hansa Rostock | 30 | 4 | 15 | 11 | 10:18 | -8 | 27 |
| 17 |
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Erzgebirge Aue | 30 | 1 | 16 | 13 | 11:27 | -16 | 19 |
| 18 |
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Karlsruher SC | 30 | 3 | 10 | 17 | 13:32 | -19 | 19 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation | |
| Relégation |
