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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | » 1. Mi-temps | 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 27 | 17 | 5 | 5 | 32:13 | 19 | 56 |
| 2 |
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TSV 1860 München | 27 | 12 | 10 | 5 | 26:10 | 16 | 46 |
| 3 |
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1. FC Nürnberg II | 27 | 13 | 6 | 8 | 28:23 | 5 | 45 |
| 4 |
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Wacker Burghausen | 27 | 9 | 13 | 5 | 21:15 | 6 | 40 |
| 5 |
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TSV 1860 Rosenheim | 27 | 11 | 7 | 9 | 19:22 | -3 | 40 |
| 6 |
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SV Schalding-Heining | 27 | 11 | 6 | 10 | 23:25 | -2 | 39 |
| 7 |
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FC Ingolstadt 04 II | 26 | 9 | 10 | 7 | 23:17 | 6 | 37 |
| 8 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 26 | 8 | 12 | 6 | 23:17 | 6 | 36 |
| 9 |
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TSV Buchbach | 27 | 9 | 9 | 9 | 25:20 | 5 | 36 |
| 10 |
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FV Illertissen | 27 | 9 | 9 | 9 | 19:17 | 2 | 36 |
| 11 |
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FC Augsburg II | 26 | 7 | 14 | 5 | 20:17 | 3 | 35 |
| 12 |
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SpVgg Bayreuth | 27 | 8 | 8 | 11 | 15:20 | -5 | 32 |
| 13 |
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VfB Eichstätt | 26 | 8 | 7 | 11 | 16:22 | -6 | 31 |
| 14 |
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VfR Garching | 26 | 7 | 9 | 10 | 19:22 | -3 | 30 |
| 15 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 26 | 5 | 13 | 7 | 11:18 | -7 | 28 |
| 16 |
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FC Pipinsried | 26 | 6 | 8 | 11 | 12:21 | -9 | 26 |
| 17 |
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SV Seligenporten | 26 | 4 | 12 | 10 | 13:23 | -10 | 24 |
| 18 |
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FC Memmingen | 27 | 4 | 12 | 11 | 16:27 | -11 | 24 |
| 19 |
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FC Unterföhring | 26 | 3 | 12 | 11 | 10:22 | -12 | 21 |
| Play-off | |
| Relégation | |
| Relégation |
