1. Journée 27.07.2008 Bayern München II - 1. FC Union Berlin 2:1 but
2. Journée 02.08.2008 Wuppertaler SV - Bayern München II 2:2
3. Journée 16.08.2008 Bayern München II - Dynamo Dresden 1:0
4. Journée 23.08.2008 Eintracht Braunschweig - Bayern München II 0:1
5. Journée 29.08.2008 Bayern München II - FC Carl Zeiss Jena 2:1 but
6. Journée 13.09.2008 VfR Aalen - Bayern München II 0:0
7. Journée 19.09.2008 Bayern München II - Werder Bremen II 1:1
8. Journée 27.09.2008 SC Paderborn 07 - Bayern München II 2:1
9. Journée 05.10.2008 Bayern München II - Stuttgarter Kickers 3:3
10. Journée 18.10.2008 Fortuna Düsseldorf - Bayern München II 1:1 but
11. Journée 26.10.2008 Bayern München II - SpVgg Unterhaching 0:0
12. Journée 29.10.2008 SV Sandhausen - Bayern München II 3:3 butbut
13. Journée 02.11.2008 Bayern München II - Jahn Regensburg 2:2 but
14. Journée 09.11.2008 Erzgebirge Aue - Bayern München II 1:1 but
15. Journée 15.11.2008 Bayern München II - Rot-Weiß Erfurt 1:0
17. Journée 30.11.2008 Wacker Burghausen - Bayern München II 0:0
18. Journée 06.12.2008 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:1 but
19. Journée 12.12.2008 Kickers Offenbach - Bayern München II 2:0 carton jaune
16. Journée 16.12.2008 Kickers Emden - Bayern München II 0:2
20. Journée 20.12.2008 1. FC Union Berlin - Bayern München II 0:0
22. Journée 14.02.2009 Dynamo Dresden - Bayern München II 3:2
24. Journée 01.03.2009 FC Carl Zeiss Jena - Bayern München II 0:2 but
23. Journée 17.03.2009 Bayern München II - Eintracht Braunschweig 0:1
27. Journée 22.03.2009 Bayern München II - SC Paderborn 07 2:1 but
25. Journée 25.03.2009 Bayern München II - VfR Aalen 4:0 butbut
28. Journée 29.03.2009 Stuttgarter Kickers - Bayern München II 0:0
29. Journée 01.04.2009 Bayern München II - Fortuna Düsseldorf 0:1
31. Journée 12.04.2009 Bayern München II - SV Sandhausen 2:1 but
21. Journée 15.04.2009 Bayern München II - Wuppertaler SV 2:0 but
32. Journée 19.04.2009 Jahn Regensburg - Bayern München II 1:2 but
33. Journée 26.04.2009 Bayern München II - Erzgebirge Aue 2:3
36. Journée 13.05.2009 Bayern München II - Wacker Burghausen 3:1