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| H (Match allé) | Werder Bremen | - | Aarhus GF | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Aarhus GF | - | Werder Bremen | 2:3 (0:1) | ||
| H (Match allé): 25.10.1961 | R (match retour): 01.11.1961 | vainqueur: Werder Bremen | ||||
| H (Match allé) | Dunfermline Athletic | - | Vardar Skopje | 5:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | Vardar Skopje | - | Dunfermline Athletic | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 25.10.1961 | R (match retour): 08.11.1961 | vainqueur: Dunfermline Athletic | ||||
| H (Match allé) | Leicester City | - | Atlético Madrid | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Atlético Madrid | - | Leicester City | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 25.10.1961 | R (match retour): 15.11.1961 | vainqueur: Atlético Madrid | ||||
| H (Match allé) | ACF Fiorentina | - | Rapid Wien | 3:1 (2:0) | ||
| R (match retour) | Rapid Wien | - | ACF Fiorentina | 2:6 (0:2) | ||
| H (Match allé): 25.10.1961 | R (match retour): 22.11.1961 | vainqueur: ACF Fiorentina | ||||
| H (Match allé) | AFC Ajax | - | Újpesti Dózsa SC | 2:1 (2:0) | ||
| R (match retour) | Újpesti Dózsa SC | - | AFC Ajax | 3:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 02.11.1961 | R (match retour): 29.11.1961 | vainqueur: Újpesti Dózsa SC | ||||
| H (Match allé) | Olympiakos Piraeus | - | DŠO Dynamo Žilina | 2:3 (1:2) | ||
| R (match retour) | DŠO Dynamo Žilina | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 22.11.1961 | R (match retour): 30.11.1961 | vainqueur: DŠO Dynamo Žilina | ||||
| H (Match allé) | Leixões SC | - | FC Progresul Bucureşti | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | FC Progresul Bucureşti | - | Leixões SC | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.11.1961 | R (match retour): 30.11.1961 | vainqueur: Leixões SC | ||||
| H (Match allé) | SC Motor Jena | - | Alliance Dudelange | 7:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | Alliance Dudelange | - | SC Motor Jena | 2:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 17.12.1961 | R (match retour): 19.12.1961 | vainqueur: SC Motor Jena | ||||
