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| H (Match allé) | OGC Nice | - | Shamrock Rovers | 3:2 (2:1) | ||
| R (match retour) | Shamrock Rovers | - | OGC Nice | 1:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 26.08.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: OGC Nice | ||||
| H (Match allé) | CDNA Sofia | - | FC Barcelona | 2:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | FC Barcelona | - | CDNA Sofia | 6:2 (4:1) | ||
| H (Match allé): 03.09.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: FC Barcelona | ||||
| H (Match allé) | Wiener Sport-Club | - | Petrolul Ploieşti | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Petrolul Ploieşti | - | Wiener Sport-Club | 1:2 (0:2) | ||
| H (Match allé): 09.09.1959 | R (match retour): 16.09.1959 | vainqueur: Wiener Sport-Club | ||||
| H (Match allé) | Linfield FC | - | IFK Göteborg | 2:1 (2:1) | ||
| R (match retour) | IFK Göteborg | - | Linfield FC | 6:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 09.09.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: IFK Göteborg | ||||
| H (Match allé) | Jeunesse Esch | - | ŁKS Łódź | 5:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | ŁKS Łódź | - | Jeunesse Esch | 2:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 09.09.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: Jeunesse Esch | ||||
| H (Match allé) | DŠO Červená hviezda Bratislava | - | FC Porto | 2:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | FC Porto | - | DŠO Červená hviezda Bratislava | 0:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 11.09.1959 | R (match retour): 29.09.1959 | vainqueur: DŠO Červená hviezda Bratislava | ||||
| H (Match allé) | Olympiakos Piraeus | - | AC Milan | 2:2 (2:1) | ||
| R (match retour) | AC Milan | - | Olympiakos Piraeus | 3:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 13.09.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: AC Milan | ||||
| H (Match allé) | Fenerbahçe | - | Csepel SC | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Csepel SC | - | Fenerbahçe | 2:3 (2:1) | ||
| H (Match allé): 13.09.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: Fenerbahçe | ||||
| H (Match allé) | Rangers FC | - | RSC Anderlecht | 5:2 (2:0) | ||
| R (match retour) | RSC Anderlecht | - | Rangers FC | 0:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1959 | R (match retour): 23.09.1959 | vainqueur: Rangers FC | ||||
| H (Match allé) | ASK Vorwärts Berlin | - | Wolverhampton Wanderers | 2:1 (2:1) | ||
| R (match retour) | Wolverhampton Wanderers | - | ASK Vorwärts Berlin | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 30.09.1959 | R (match retour): 07.10.1959 | vainqueur: Wolverhampton Wanderers | ||||
