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| H (Match allé) | FK Ekranas | - | Dinamo Zagreb | 1:4 (1:2) | ||
| R (match retour) | Dinamo Zagreb | - | FK Ekranas | 5:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 25.07.2006 17:00 | R (match retour): 02.08.2006 20:30 | vainqueur: Dinamo Zagreb | ||||
| H (Match allé) | FC Sheriff | - | Spartak Moskva | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Spartak Moskva | - | FC Sheriff | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 19:00 | R (match retour): 02.08.2006 17:00 | vainqueur: Spartak Moskva | ||||
| H (Match allé) | FK Liepājas Metalurgs | - | Dinamo Kiev | 1:4 (0:3) | ||
| R (match retour) | Dinamo Kiev | - | FK Liepājas Metalurgs | 4:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 19:00 | R (match retour): 02.08.2006 18:00 | vainqueur: Dinamo Kiev | ||||
| H (Match allé) | Levski Sofia | - | Sioni Bolnisi | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Sioni Bolnisi | - | Levski Sofia | 0:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 19:30 | R (match retour): 02.08.2006 17:00 | vainqueur: Levski Sofia | ||||
| H (Match allé) | Djurgårdens IF | - | MFK Ružomberok | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | MFK Ružomberok | - | Djurgårdens IF | 3:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:00 | R (match retour): 02.08.2006 20:00 | vainqueur: MFK Ružomberok | ||||
| H (Match allé) | Fenerbahçe | - | B36 Tórshavn | 4:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | B36 Tórshavn | - | Fenerbahçe | 0:5 (0:1) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:00 | R (match retour): 01.08.2006 19:30 | vainqueur: Fenerbahçe | ||||
| H (Match allé) | FC Zürich | - | RB Salzburg | 2:1 (2:1) | ||
| R (match retour) | RB Salzburg | - | FC Zürich | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:15 | R (match retour): 02.08.2006 20:15 | vainqueur: RB Salzburg | ||||
| H (Match allé) | FH Hafnarfjörður | - | Legia Warszawa | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Legia Warszawa | - | FH Hafnarfjörður | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:30 | R (match retour): 02.08.2006 20:30 | vainqueur: Legia Warszawa | ||||
| H (Match allé) | FK Mladá Boleslav | - | Vålerenga IF | 3:1 (3:0) | ||
| R (match retour) | Vålerenga IF | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:45 | R (match retour): 02.08.2006 20:45 | vainqueur: FK Mladá Boleslav | ||||
| H (Match allé) | Debreceni VSC | - | FK Rabotnički | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | FK Rabotnički | - | Debreceni VSC | 4:1 (3:1) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:45 | R (match retour): 02.08.2006 20:00 | vainqueur: FK Rabotnički | ||||
| H (Match allé) | Cork City | - | Crvena Zvezda | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Crvena Zvezda | - | Cork City | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:45 | R (match retour): 02.08.2006 20:15 | vainqueur: Crvena Zvezda | ||||
| H (Match allé) | FC København | - | MyPa Anjalankoski | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | MyPa Anjalankoski | - | FC København | 2:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:45 | R (match retour): 02.08.2006 19:00 | vainqueur: FC København | ||||
| H (Match allé) | Heart of Midlothian | - | Široki Brijeg | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Široki Brijeg | - | Heart of Midlothian | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 20:45 | R (match retour): 02.08.2006 20:30 | vainqueur: Heart of Midlothian | ||||
| H (Match allé) | ND Gorica | - | FC Steaua Bucureşti | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Steaua Bucureşti | - | ND Gorica | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.07.2006 21:00 | R (match retour): 02.08.2006 19:30 | vainqueur: FC Steaua Bucureşti | ||||
